当方でも再現します。
Thunderbird 3.1.7、Windows XP SP3

バグ検索はしていないのでこの仕様の修正あるいは変更要望があるかどうか不明です。

根本的な対処方法にはなりませんがアドレス帳に別名の表示名で登録しておき、返信時に手動で
置き換える（編集）ぐらいしか思いつきません。

（例）
差出人：山田 <yamada@xxxxx.com>
アドレス帳には以下で登録しておく。
株式会社　山田様 <yamada@xxxxx.com>

返信時にその都度、アドレス帳から「株式会社　山田様 <yamada@xxxxx.com>」を選択して宛
先に挿入（入れ替え）をおこなう。

これって不便ですねぇ。
何かいいアドオンがあればいいですねぇ・・・・・。

＃Thunderbird 2.0 系は使用していないのでどうだったかわかりません。
　

OS:Windows XP SP3
Thunderbird 3.1.6　（2ヶ月前に2.0.0.19から更新）
「アドレスの自動補完」をオンにして
使用しております。

現在thunderbirdのアドレス帳に姓、名、アドレスだけを登録して
表示名は登録しないようにしています。

返信をいただいて、そのメールへの返信時は
相手方のメールに記載されている表示名をそのまま使用したい。

この場合、アドレス帳に登録済の場合、
返信後にアドレス帳の「表示名」が更新されてしまいますが
これを回避する方法はありませんでしょうか？


「メール送信時に受信者を次のアドレス帳に自動で追加する」のチェックボックスは
外しているので、未登録の場合に新規登録されることはないのですが
登録済の場合は更新されてしまい
次に自分から送信する時は、自動補完オフにして宛先フィールドで消すか
アドレス帳を修正するかして表示名を消さないといけません。

Auto　Address Cleaner(1.0.2)が便利かと思ったのですが
返信時も表示名が消去されてしまうので…。

Thunderbird2.0時は登録されなかったと記憶しているのですが、
ご教示いただければ幸いです。
宜しくお願い致します。