横から失礼いたします。
私も文字化けの状況が起こっていました。
環境：WindowsXP(32bit)/TB3.1.6/Microsoft Security Essentials

返信・転送・下書きそれぞれで西欧エンコーディングに固定されるという問題が起こっていました。

フォルダ毎のエンコード指定・オプションの文字コード設定もISO-2022-JPを指定しても
改善しませんでした。

アドオン関連を疑ってみたところ、広告防止として入れてあった
"Adblock Plus”
を除いたところ、
正常に表示するようになりました。
思い返すと、最近アップデートがあった後から問題が発生したように思われます。

アドオンの影響によるものと考えられる一例として挙げておきます。

　
コピーして貼り付けていただいた文字化けするメールの本文は日本語（ISO-2022-JP）で書か
れているようです。
　＃ISO-2022-JP で読めました。
日本語（Shift_JIS）ではないようですね。

[quote="Boss"]ご教示のメールヘッダを含む部分というのは、どこがその該当箇所なのか、またそれをどう貼り付けるのかわからないので、できませんでした。[/quote]
メールヘッダを含むというのはメッセージ全体のことを指しています。
ツールバーのメニューから [表示] > [メッセージのソース] で見ることができます。
　＃ソース表示でも文字エンコーディングの自動判別は有効にできます。
それをコピーして貼り付ければいいだけです。
　＃ご自分でメニューぐらいは探してみてください。

【補足】
「メールヘッダ」が何を意味するものなのかわからなければせっかくのインターネットですので
検索してみましょう。

[quote="Boss"]また、自分で試しに作って、下書きに保存してみた実験メールも、やはり文字化けしておりましたが、一旦セーフモードで再起動してみて、そこで見てみたら正常に戻りました。[/quote]
セーフモードで正常に表示されたということは入れているアドオン（拡張機能やテーマなど）に
よる影響があるものと思われます。

数日前までは問題なかったという情報と一致する可能性はありませんか？
つまり何かしらのアドオンを入れてから起きた問題の可能性はありませんかということです。
　＃あるいは他のアプリケーションを入れてからという可能性はありませんか？

もしアドオンを入れているのならばその設定内容を確認してみてください。
　＃どのアドオン（名称とそのバージョン）を入れてるのかも書いてください。

あるいはアドオンを無効化するとか削除すれば改善されるかも知れません。
つまり文字化けを起こしているのはアドオンなどによるものなのかメッセージの文字コードの問
題（でたらめさ）によるものなのかを切り分けてみないとわからないということです。

それ以外にはプロファイルの何らかの不具合が起きている可能性もあります。
文字エンコーディングの自動判別が正常に機能していない可能性もあります。

今回のケースではこれまでの情報からメッセージの文字コード自体に問題がありそうに思えま
す。

[quote="Boss"]ただ、元々或る人への返信として書いて保存しておいたメール（上記の物）は戻りませんでした。そして、通常モードで再起動してみたところ、実験メールは正常でしたが、上のものは文字化けしたままでした。[/quote]
その文字化けしない実験メールと文字化けする下書きに保存したメールをソース表示でよく見
比べてみて相違点はありませんか？

文字化けしたままのそのメッセージは元々でたらめな文字コードで書かれたものではないでし
ょうか。
件名（タイトル）と本文の文字コードの指定が異なるとか、文字コードの指定すらないとか、文字
コードの指定と異なる文字コードで書かれているとかいくつかのケースが考えられます。

それが返信しようとして編集して下書き保存した際に文字化けとして出現したと推測されます。
つまり Shift_JIS として文字コードがどこかに指定されているのに ISO-2022-JP で返信の編集
を加えて（あるいはこの逆にして）保存したためと思われます。

それらを確認するのは Boss さん自身です。
それが確認できないのならば他人に委ねるしかないのでコピーして貼り付けてみてくださいと書
いているのですがご理解いただけますか？

[quote="Boss"]ご教示の「新規プロファイルの適用」と「クリーンインストール」は、済みません、意味が理解できないので試しておりません。[/quote]
失礼しました。

[新規プロファイルの作成と適用] については以下のサポートサイトの説明ガイドを読んでみてく
ださい。
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%81%AE%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B]Mozilla Messaging / ナレッジベース / 複数のプロファイルを使用する[/url]
[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB]Mozilla Messaging / ナレッジベース / プロファイル[/url]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.1.6/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.1.6 リリースノート - トラブルシューティング[/url]

[クリーンインストール]
Thunderbird をまったくの初期状態にすることです。
とりあえずプロファイルはそのままにしておいて（削除せずに）インストールだけを初期状態にし
ます。手順は以下です。
・一旦通常の方法で Thunderbird をアンインストールします
・インストールフォルダを削除します
・PC 再起動後に改めてインストールをおこないます
　
[参考]　
[url=http://mozilla.jp/support/thunderbird/kb/002614]Thunderbird ナレッジベース - メッセージの件名が文字化けしたり「?」になってしまう[/url]
　

「メールヘッダを含むソース」というのは一覧上で該当メールを選んでおいて Ctrl + u で表示されるソース表示からコピー＆ペーストして欲しいと言うことです。
通常はエンコーディング指定は以下の、
Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP
Content-Transfer-Encoding: 7bit
となっているのですが、その確認をしたいと言うことでしょう。

ただ、セーフモードで文字化けが発生しなかったと言うことから、なにかアドオンが悪さをしているような気がします。
どういうアドオンが入っているかの提示をされたほうがよろしいのではないかと思います。

kiki様

　ご教示、ありがとうございます。
　やはり文字化けが起こります。確認しましたが、「既定の文字エンコーディング」は「日本語（ISO-2022-JP）」です。以下に文面の一部を挙げておきます：


[color=red]※ここに有った行は送信相手の実名のようなので安全のために削除しておきました。
以下の本文は読めてしまいますが都合が悪ければ読めなくなるように壊します。(by Admin. [url=http://forums.mozillazine.jp/profile.php?mode=viewprofile&u=54]kiyo4_k[/url])[/color]

$B!!2?2s$b%a!<%k$rD:$-$J$,$i!"$*JV;v$b:9$7>e$2$:$K!"K\Ev$K?=$7Lu$"$j$^$;$s!#$3$N(B5$B%17n$/$i$$!"$:$C$H92$?$@$7$$F|!9$rAw$C$F$*$j!"?'!9$JJ}LL(B $B$KIT5AM}$r$7(B $B$F$*$j$^$9!#(B
$B!!(B7$B7n$N=*$o$j$K%7%s%]%8%&%`$r9T$C$?8e!"(B8$B7nCf=\$K$+$1$FDL?.650i$@$N2?$@$N$H$$$&Bg3X$NMQ;v$KK;;&$5$l!J2H$K5"$l$=$S$l$?$3$H$bFsF|$[$I$"$j(B $B$^$7$?!K!"$=$N8eCf9q!J@N$NK~='!K$G3+$+$l$?3X2q$K=P@J!"2q$,=*$o$C$F$+$i$b>/$7K~='$d4Z9q$J$>$GB?>/$N$s$S$j$7$F!"B+$N4V$N2F5Y$_$r3Z$7


　ご教示のメールヘッダを含む部分というのは、どこがその該当箇所なのか、またそれをどう貼り付けるのかわからないので、できませんでした。
　この文字化けメール、最初は「日本語(Shift_JIS)」になっておりました。今はエンコードの表示はありませんが、やはり文字化けしています。
　また、自分で試しに作って、下書きに保存してみた実験メールも、やはり文字化けしておりましたが、一旦セーフモードで再起動してみて、そこで見てみたら正常に戻りました。ただ、元々或る人への返信として書いて保存しておいたメール（上記の物）は戻りませんでした。そして、通常モードで再起動してみたところ、実験メールは正常でしたが、上のものは文字化けしたままでした。
　ご教示の「新規プロファイルの適用」と「クリーンインストール」は、済みません、意味が理解できないので試しておりません。
　仕方がないので、現在は書きかけのメールは一々メモ帳にコピーを取っています。下書きにバックアップが必要とは困ったものなのですが、どうしたものでしょうか。どうぞ宜しくお導き下さい。

　
[quote="Boss"]kiki様の教えて下さったこと、確認してみたところ、この画面の通りで、「既定の文字エンコーディング」は日本語、「この設定をフォルダ内の全てのメッセージに適用する」にはチェックがついていませんでした。[/quote]
了解しました。
文字エンコーディングの自動判別が有効な状態でも文字化けが起こるということですね。

通常では再現条件がわかりませんね。
何か特殊な条件下で起きているように思えます。

[quote="Boss"]ところで、今保存されている下書きのメールは、やはり悉く文字化けしておりました。どういうわけでしょうか。[/quote]
支障なければその文字化けするというメッセージのコピーを貼り付けてみてください。
＃メッセージヘッダも含むすべて
設定がおかしくなければそのメッセージを見てみないとわかりません。
＊メッセージのソース表示のコピーです。
＊特定のプライバシーに関する部分はマスクしてください。

「下書き」フォルダ内で文字化けするものとしないものがあればその両方をソース表示でよく
比べて相違点を教えてください。

また問題の在りかの切り分けとして以下の対処をおこなってみてその結果も教えてください。
・Thunderbird のセーフモード起動（アドオンなどを一時的に無効にして起動することです）
・新規プロファイルの適用（テスト用のプロファイルを作って試すということです）
・クリーンインストール（初期の不具合が無かったかどうかを試すためです）
　

　mar様、kiki様、ご丁寧にありがとうございます。
　mar様のご教示下さったこと、早速確認してみましたが、確かに「日本語」になっております。
　kiki様の教えて下さったこと、確認してみたところ、この画面の通りで、「既定の文字エンコーディング」は日本語、「この設定をフォルダ内の全てのメッセージに適用する」にはチェックがついていませんでした。ところで、今保存されている下書きのメールは、やはり悉く文字化けしておりました。どういうわけでしょうか。
　取り敢えずこの設定を確認したので、いくつか試しに書きかけメールを下書きフォルダに残しておいて、文字化けするかどうか試してみます。またご報告します。

　
文字エンコーディングの指定や自動判別がどうなっているかをまず確認してみましょう。
そして [フォルダのプロパティ] で下記のように固定指定していないかを確認してみてく
ださい。
＃文字エンコーディングの指定や自動判別を無視する設定は勝手には有効になりませ
　 ん。

　　　[img]http://img819.imageshack.us/img819/8128/42291384.png[/img]
　

[quote="Boss"]　この2～3日、下書きフォルダに保存した送信予定の書きかけのメールが悉く文字化けしてしまいます。見ると上部に「西欧　ISO8859-1」という文字が入っています。エンコードをかけても直りません。ごみ箱に捨てて、そこで見てみると日本語に戻っています。下書きフォルダに3通の書きかけメールがあるのですが、いずれもそうなっています。そして、数日前までは何も問題ありませんでした。[/quote]

下書きフォルダを右クリックして、
[プロパティ] > [一般情報] > [既定の文字エンコーディング]
を確認してください。
「西欧 (ISO-8859-1)」になっていたら、「日本語 (ISO-2022-JP)」にしてみてください。

　またご相談申し上げます。
　この2～3日、下書きフォルダに保存した送信予定の書きかけのメールが悉く文字化けしてしまいます。見ると上部に「西欧　ISO8859-1」という文字が入っています。エンコードをかけても直りません。ごみ箱に捨てて、そこで見てみると日本語に戻っています。下書きフォルダに3通の書きかけメールがあるのですが、いずれもそうなっています。そして、数日前までは何も問題ありませんでした。
これらのメールは、来た物の返信なのですが、元のメールも日本語で、「西欧云々」という表示はありません。この間、設定の変更はしておりません。
　もし対処方法をご存じの方がおられましたら、ご教示ください。バージョンはサンダーバードの3.1.6で、パソコンはNECのVL150/8、Windows7の64bit版が入っていて、セキュリティソフトはNorton360の4,0です。宜しくお願いします。