原因とその解決のための方法を知っているわけではありませんが、明日からの仕事にお困りのようなので......。

【はじめに――重要】
この種の「＊＊が消えた」のトラブルでは、その問題に気がついたらすぐに、プロファイルのバックアップ（コピー）を別のメディアに確保することが重要です。（日常的にバックアップを取っているなら、この限りではありません。）
必ずそうなるわけではありませんが、状況によっては、問題を解決しようと Thunderbird / Firefox を操作すればするほど傷を深めてしまう場合もありうるからです。
バックアップを取っても確実に復元できる保証はありませんが、被害が拡大した場合でも最小限の被害状況の段階に復旧できる可能性を担保する“保険”の意味はあります。

【基本事項】
Thunderbird のアドレス帳の実体は、プロファイル内にある *.mab というファイルです。
デフォルトで存在する [個人用アドレス帳] は abook.mab 、[記録用アドレス帳] は history.mab で、その他ユーザーが追加したりインポートしたアドレス帳は、abook-*.mab とか impab-*.mab とかの名称で存在します。
この実体ファイルとアドレス帳で付けた名称を含め統合的にアドレス帳を管理する情報は、prefs.js に記録されています。
prefs.js をテキストエディタで開いても確認できますが、誤操作防止のため [設定エディタ]（about:config）からフィルタ欄に ldap と入力し、リストアップされた太字（ユーザー設定）の項目の description と filename を対照させていけば、手間はかかってもアドレス帳の表示名（部署名？）と実体ファイルの関係がたどれるはずです。（ただし、prefs.js 自体が破損していたら、この情報が正しくたどれないかもしれません。）

【推測できる問題点】
（ア）詳しくは知りませんが、ひとつのプロファイルで保持できるアドレス帳の上限数といった制約がある可能性。（過去に破棄したアドレス帳のデータが残ったままとか、いろいろ可能性はありそうです。）
（イ）プロファイルが破損した可能性。（とくに、prefs.js に記録された情報と実際のプロファイル内の *.mab の整合性が〈部分的に / 全体的に〉崩れた可能性。破損した原因までは分かりませんが、なんかアドオン類がたくさん入っているようですし...。）
（ウ）ハードディスクの障害の可能性。（たまたま Thunderbird のプロファイルが記録されていた領域が破損したとか。状況によっては破損が拡大する可能性もありうるので要注意。）

【力技】
細かな説明は抜きにして、とりあえず明日までの復旧をめざすために――。
＊アドレス帳の実体ファイルがどれも破損しておらず、ハードディスク障害等もないことが確認されているという条件で。
（0）現行のプロファイル（C）にあるすべてのアドレス帳（*.mab）、もしくはプロファイル全体をバックアップ。
（1）現行の Thunderbird で、作業用の新規プロファイル（T）を作成。Thunderbird は終了させる。
（2）（C）内にあるアドレス帳の実体ファイルのうち、認識されなくなったアドレス帳の実体ファイル（abook-*.mab）を、abook.mab とリネームして（T）に上書きコピー。
（3）Thunderbird を（T）で起動し、アドレス帳の [個人用アドレス帳] に希望する登録情報が再現されていることを確認して、そのデータを LDIF 形式でエクスポート。ファイル名は分かりやすく付けておく（例：exp-1.ldif）。Thunderbird を終了。
（4）Thunderbird を（C）で起動し、アドレス帳から（3）でエクスポートしたファイル（exp-1.ldif）を指定してインポート。これが成功すれば、現行プロファイルで希望するアドレス帳を復元できる。
（5）希望するアドレス帳について、上記（2）～（4）をくり返す。

【注意点】
上記の方法で復元できても、再びアドレス帳の消失が発生するようだと、もっとプロファイル全体に問題が起こっている可能性が考えられます。（あるいはハードディスク障害の可能性も否定できません。）
もし、Thunderbird の古いバージョンからアップグレードしつつ、同じプロファイルを使い続けてきたとかですと、プロファイル内のデータがいたるところで整合性を失ってきている事態もありえます。アドレス帳だけでもかなりの数があるようですし、プロファイル内の乱雑さが増すとトラブルも起こりやすくなります。
この場合、面倒でも新規プロファイルに乗り換えた方が、今後の安定性は増すと思われます。

（補足 1 ）
環境情報で、
Thunderbird 3.0.6
と書かれていますが、すぐあとにユーザーエージェント（UA）の情報として、
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja-JP; rv:1.8.1.23) Gecko/20090812 Thunderbird/3.1.2
とあり、バージョンが全然違います。
とくに UA のうち rv:1.8.1.23 は 2.0 系のものです。（アドオンの影響？）
通常は Thunderbird 3.0 系だと rv:1.9.1.* 、3.1 系だと rv:1.9.2.* です。
もし、書き間違いや意識的な UA 偽装ではなく [ヘルプ] -> [Thunderbird について] でこの表示がされているのなら、どこか根本的にプロファイルがおかしくなっているのかもしれません。
（補足 2 ）
ビジネスで使う場合はとくに、常日頃からメールデータやアドレス帳などユーザー固有のデータのバックアップを心掛けましょう。
アドオン類は利便性を向上させますが、多用すると安定性を犠牲にすることもあります。そのへんのバランスには注意してください。

以上、取り急ぎのアドバイスまで。外してたらすみません。

はじめて投稿させて頂きます。宜しくお願いいたします。

以下の環境のThunderbirdで、新規メール作成画面の左側にある
アドレスサイドバーにあるアドレス帳に個別特定名で作成したアドレス帳名
（例えば、部署のグループ名）に登録したメール送信者が名前で出てきて、当該者
をダブルクリックすると新規メール作成画面の右側上の送信宛先に登録される
ようになっている便利な機能を使わせて頂いております。

昨日、新規に個別特定名（会社の部署名別に）で作成したフォルダーを２０個作成し、
そのフォルダ内に特定個人名を手入力でINPUTしました。この時点で、既存の
フォルダ１５個と合わせて合計３５個の部署名別のフォルダが作成されたことになります。
アドレス帳が新規メール作成時に使えるかを確認し、ＰＣをOFFにしました。
ところが、本日Thunderbirdを起動し、新規のメールを作成しようとしたら、
３５個のフォルダのうち、従来から使っていた１５個のフォルダが消えて無くなって
しまいました。（青ざめ状態）　新規に作成した２０個のフォルダも必要だが、従来
から使っていた１５個のフォルダは頻繁に使っているアドレス帳なので、無くなると
超ヤバイ～状態です。（アドレスの情報量が多く、同じ物が作れませんし、明日から
困ってします状況）。

自分の力だけでは、原因特定に至らず、こちらで識者の方のお力添えを賜りたく、
投稿させて頂きました。皆さんのフォーラムを見ながら、症状、環境、実施したこと
を纏めてみました。何卒宜しくお願い申し上げます。

＜これまでの症状＞
(1)新規メール作成画面の右側のアドレスサイドバーの名前に「登録したメンバ」
　 が消えてしまった。
(2)ＴＢ再起動、パソコン再起動を実施しても症状は変わらず、アドレスサイドバーの
　 名前に「登録したメンバ」が消えています。
(3)アドレスサイドバーにあるアドレス帳に個別特定名で作成したアドレス帳名
　 が２０件位あるのですが、どのアドレス帳も名前に登録したメンバが消えています。
(4)TBのメイン画面（受信トレイ）のメールツールバーにある「アドレス帳」ボタンをクリック
　 して別画面でアドレス帳を見ると、左側のアドレス帳に登録したアドレス帳名、登録
　 したメンバが消えています。特に従来から使っていたフォルダが全部消えました。
　 新しく作成したフォルダは消えていません。

＜環境＞
OS : Windows XP (SP3)
Thunderbird 3.0.6
Thunderbirdのアドオンは以下の通り

-------------------------------------------
作成日: Sun Oct 03 2010 15:32:43 GMT+0900
ユーザーエージェント: Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja-JP;
rv:1.8.1.23) Gecko/20090812 Thunderbird/3.1.2
ビルドID: 20100915113750

拡張機能（有効）: [22]
* Address Close Button 1.2
* Auto Address Cleaner 1.0.2
* Check and Send 0.9.21
■ Contacts Sidebar JP (20100601) 0.8pre+
■ Custom Buttons 0.0.5.1
* Display Mail User Agent 1.6.6
* Extra Folder Columns 1.1
* FlashGot 1.2.2
* FoxClocks 2.6.18
* Lightning 1.0b2
* MagicSLR 3.3
■ Mnenhy 0.8.3
* MR Tech Toolkit 6.0.4
* PackageMapping.com Extension 1.1
* Quick Locale Switcher 1.7.2
* Quicktext 0.9.10.1
* Quote Colors 0.3
* Signature Switch 1.6.6
* Silvermel and Charamel XT 1.3.5
* SmartTemplate 0.6.0
* Stationery 0.6.1
■ United States English Spellchecker 5.0.1

テーマ: [4]
* Default
* Office Black 1.5.5
* Silvermel 1.3.5
* Walnut for Thunderbird 1.8.61

プラグイン: (8)
* ActiveTouch General Plugin Container
* Java Deployment Toolkit 6.0.210.7
* Java(TM) Platform SE 6 U21
* Microsoft® DRM
* Shockwave Flash
* Silverlight Plug-In
* Windows Media Player Plug-in Dynamic Link Library
* Windows Presentation Foundation
-------------------------------------------

＜これまでに実施した対応＞（※いずれも解決せず）
Thunderbirdのフォーラムを閲覧し、自分で確認できそうなことを先ず
実施してみました。
(1) 全部のAdd-Onが最新版となっているか確認。上記の■印のものを最新版に変更
　　　→［アドレス帳には効果無し。］
(2) セーフブートでＰＣ再起動した後、Thunderbirdを起動し現象を確認。
　　　→「アドレス帳ファイル(abook-38.mab）を読み込みませんでした。読み込み専用に
　　　　　なっていあにか、他のプログラムでロックされています。」と注意が出てきた。
　　　→「abook.mab」以外に、abook-xx.mabが約４０件位あります。更新時間から
　　　　　異常現象が発生する前のabook-44xx.mabを見つけました。
　　　　　新規のアドレス帳を加えたabook-61.mab～abook-78.mabでファイルサイズ
　　　　　がバラバラで更新時間が同一時間で18件あります。どれだかわかりませんが、
　　　　 ファイルサイズが一番大きいものかな？と勝手に思っています。
(3) Thunderbirdのabout.configでmailに関係するものを検索しましたが、abook-xx.mab
　　やabook.mabに関連付けられたものが無く、何もトライが出来ませんでした。
(3) Thundebirdの再インストール
(4) 何かの不具合かと思い、軽く考えて(1)～(3)を実施したのですが、
　　　症状は変わらず、お手上げ状態です。

以上[/list]