[color=#006600]＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用について[/url] を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Thunderbird のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。[/color]


仕様ではありません。

どのバージョンからアップグレードされたのか不明ですが、バージョン 3.0 からはそれまでの
パスワードを保管するファイルが一部変更になったため、いろいろと問題が起きているようで
す。
補足：パスワード関連ファイルの signons.txt は signons.sqlite に変更された。

私のところでもバージョン 2.0.0.24 から 3.0 へのアップグレードの際に一部のアカウントの
受信サーバのパスワードがうまく引き継げない現象に遭遇しました。
幸いプロファイルのバックアップを取ってありましたので該当ファイルを再適用させることで回
復させました。

んでもって自動更新とアンインストール（2.0.0.24）とインストール（3.0）でアップグレードの再
現を試したところ問題が起きませんでした。
結果、必ず起きるということではなかったようです。

ということで仕様ではないにしろ、どこかにバグらしき問題の可能性もあると思われますが確
認したわけではないのでわかりません。
その他にもいくつか問題があるようですので以下のドキュメントを参照しておくとよろしいかと
思います。

[参照]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.6/releasenotes/#issues]Mozilla Thunderbird 3.0.6 リリースノート - 既知の問題[/url]
[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.1.2/releasenotes/#issues]Mozilla Thunderbird 3.1.2 リリースノート - 既知の問題[/url]
　

ThunderbirdをVer. 3.1.2にアップデートしたらメールアカウントのパスワードが失われました。
メールの送受信ができなくなってびっくりしました。
これは仕様でしょうか？ :(