kikiさんありがとうございます。

早速、ご教授いただいた方法をためてして見ます。

　
[quote="ベックン"]検索をしたところ、検索結果がバージョンアップする前に受信したメールは反映をされているのですが、バージョンアップ以降に受信したメールが検索結果に反映されていない状況です。[/quote]
検索とは Thunderbird 3.0 から搭載された新しいグローバル検索（全文検索）のことでしょうか？
それとも従来からあるフォルダ対象の検索機能のことでしょうか？

もしグローバル検索でしたらインデックスの作成が無効になっている可能性があります。
[ツール] > [オプション] > [詳細] > [一般] > [高度な設定] で「グローバル検索と索引データベー
スを有効にする」にチェックが入っているかを確認してください。
　[参照]
　[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/Global%20Search]Mozilla Messaging / ナレッジベース / グローバル検索[/url]


フォルダ対象の検索でしたらインデックスが作成されていないか正しく認識されていない可能性が
あります。
該当フォルダに対して「最適化」あるいは「牽引を再構築」を実行してインデックス(要約）ファイルの
最適化と再構築を実行してみてください。


Thunderbird 2.0 系から 3.0 系へのバージョンアップでは下記の「既知の問題」以外にもいくつかの
不具合が報告されているようです。
　[参照]
　[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.4/releasenotes/#issues]Mozilla Thunderbird 3.0.4 リリースノート - 既知の問題[/url]
　[url=https://support.mozillamessaging.com/ja/kb/Thunderbird+2+%E3%81%8B%E3%82%89+3+%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%82%B0%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8B%E3%82%88%E3%81%8F%E3%81%82%E3%82%8B%E8%B3%AA%E5%95%8F+%EF%BC%88FAQ%EF%BC%89]Mozilla Messaging / ナレッジベース / Thunderbird 2 から 3 へのアップグレードにおけるよくある質問 （FAQ）[/url]

上記の対処をおこなっても改善が見られない場合は以下のトラブルシューティングに沿って対処して
みてください。
　[url=http://mozilla.jp/thunderbird/3.0.4/releasenotes/#troubleshooting]Mozilla Thunderbird 3.0.4 リリースノート - トラブルシューティング[/url]
　

サンダーバードのバージョンを2->3にいたしました。
検索をしたところ、検索結果がバージョンアップする前に受信したメールは反映をされているのですが、バージョンアップ以降に受信したメールが検索結果に反映されていない状況です。

バックアップをとり、ダウングレードを試みたのですが、やはり検索結果が同じで、クリーンインストールをしても同様の結果でした。

検索を使用する頻度が高いため困っております。

使用環境は、現在バージョン3.0.4でWindowsXPです。
よろしくお願いいたします。