回答ありがとうございます。
他に作業らしい作業はしていないのですが、あとは常駐プログラムを減らすくらいですかね…。
移動の度にセーフモードは流石に(；´∀｀)

う~ん、分割した方が無難ですかね、、回答いただいた方法を試してみる事にします。
おふたりともありがとうございました。

的外れかもしれませんが、個人的には

ここが気になります。

もうちょっと少なく、複数のフォルダに小分けしてから移行するとどうなりますか？
（具体的に何件ずつくらいがいいかは分かりかねますが……。）

ハングアップする原因は何でしょうか？
何か別の作業中だったりとか？
PCを起動して最初に作業しても同じなのでしょうか？
（他の作業は一切しない。）
同じ場合はOSの「セーフモード」からの実行ではどうですか？

Windows 7 32bit版にてThunderbird 3.04を使用しております。
別のメールソフトからThunderbird 3.04に移行作業をしていたのですが、
インポートしたメールデータを他のフォルダに移動させる作業中に固まってしまうのですが
何か良い移動方法があるのでしょうか？
※メール件数は１フォルダにつき５万件ほどです。

何かアイデアありましたらよろしくお願いします。