すみません、自己解決しました…。
とても恥ずかしい内容で、Windowsプロファイルを間違えていました。
ちゃんとトラブルシューティング情報を確認しなかったことが反省点です。

[環境]
Thunderbird 128.9.0 32bit
Windows 11

受信トレイのサブフォルダが重複表示されるようになったので、folderTree.jsonなどを確認しようとして気付きました。
Thunderbirdのシステムファイルの更新日付が全てズレてる…。
Windowsのシステム日付は正しいです。Windows上で新規にファイルを作成しても正しい日付で作成されます。
しかし、Thunderbirdを起動してメール受信した後のinboxやinbox.msfの更新日付が15日と16時間30分古いのです。
これは何が原因なのでしょうか？
Thunderbird内部にシステム日付とは別に日付データを保持していて、それで更新してるんでしょうか？

本当はサブフォルダの重複表示で相談したかったのですが、このシステムファイルの更新日付のズレについてご教授いただけますと大変ありがたいです。
お手数をおかけしますが、よろしくお願いいたします。