BigUnit さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="BigUnit"]メールを既読にしてもそのフォルダーを未読フォルダーに残ったままになります。
アプリを再起動すると未読フォルダー直下から先ほどのフォルダーが消えるのですが、それ以外に方法は無いのでしょうか？[/quote]
はい、現状ではフォルダー内のメールをすべて既読にしても未読フォルダー表示を再表示するまでフォルダー自体は残りますね。
そして再表示する方法としては以下になるでしょうか。[list]
[*]Thunderbirdを再起動する。
[*]未読フォルダー表示をいったんオフにし再度オンにする。
[*]メールタブ以外のタブを「新しいウインドウへ移動」するとメールタブを伴って別ウインドウが開くので再表示される。[/list]

自動で再表示が難しかったとしても、フォルダーペインを手動で再表示する手段（メニューやボタン）が追加されたらある程度改善するように思えます。

ThunderbirdのVer 125.5.1esrを使用しています。
表示>フォルダー>未読フォルダーにチェックをいれ、未読フォルダーを表示しています。
メールが来た際は、該当するフォルダーが未読フォルダーの所に現れて見やすいのですが、
メールを既読にしてもそのフォルダーを未読フォルダーに残ったままになります。
アプリを再起動すると未読フォルダー直下から先ほどのフォルダーが消えるのですが、それ以外に方法は無いのでしょうか？