Bug 1911076 は修正済みです。
修正は 128.1.1esr にも入りましたので、次のリリースでは32bit版でも大丈夫になります。

SUPERJETさま
EarlgreyTeaさま

情報のご提供ありがとうございます。
EarlgreyTeaさまがご指摘の通り32bit版のThunderbird 128を使用しておりました。

無くなったメールは戻ってこないのでどうしようもありませんが、
原因がはっきりしただけでも良かったと思います。
OSにあったインストーラーをちゃんと使うようにします。

ありがとうございました。

3535 さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="3535"]受信トレイのフォルダーのプロパティで表示されるディスク上のサイズが4.0GBを超えた状態で最適化をかけると、
（中略）
ちなみに4.0GBを超えていたディスク上のサイズは4.0GBに減っていました。[/quote]
SUPERJET さんから情報提供ありました通り、下記バグ報告の事例と同じ状況なのだろうと思います。

Bug 1911076 Lost thousands of e-mails after Nebula upgrade, large pop mboxes truncated to ~4 GB

[color=blue][b]32bit版の Thunderbird 128 をお使いではないでしょうか。[/b][/color]

私自身、6.4 GBのフォルダーを作成しておき、それをいくつか削除してから最適化を実行するテストを行ってみました。
64bit版の 128.0.1esr では時間はかかりますが期待通りの最適化が完了しましたが、32bit版では 4 GBにサイズが削られたフォルダーが出来上がる結果となりました。

【追記】
115.13.0 の32bit版では問題ありませんでした。

お問い合わせの件ですが以下で同様の現象と思われる報告が5日前に挙がっていることを確認しています。

Lost thousands of e-mails after Nebula upgrade, large pop mboxes truncated to ~4 GB
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1911076

受信トレイのフォルダーのプロパティで表示されるディスク上のサイズが4.0GBを超えた状態で最適化をかけると、一部のメールの内容が閲覧できず、件名しか残っていない状態になるのですが、128.0.1esrのバグなのでしょうか。同様の症状が出ている方はいませんか。
ちなみに4.0GBを超えていたディスク上のサイズは4.0GBに減っていました。