えっでぃ さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="えっでぃ"]設定エディターを変えたところ、受信したメールが全て既読でごみ箱に移動されるようになりました。変えた部分はこの範囲内ですが、何度も変えた為、元がどうだったか覚えていません。[/quote]
よくない状況です。
設定エディターであれこれいじるのではなく、まず問題の原因がどこにあるのかの切り分けを行うようにしてください。
そして設定変更等行うのであれば、プロファイルのバックアップを取っておくことをおすすめします。

[quote="えっでぃ"]mail.server.server1.downloadUnreadOnly false
mail.server.server1.keepUnreadOnly false
mail.server.server2.downloadUnreadOnly false
mail.server.server2.keepUnreadOnly false
mailnews.mark_message_read.auto false[/quote]
これらをいじる必要はありません。
downloadUnreadOnly に関しては false です。
keepUnreadOnly というのは昔はあったのかもしれませんが現在は存在しません。
mailnews.mark_message_read.auto は設定＞一般＞既読と表示の「メッセージを自動的に既読にする」のことです。

[quote="えっでぃ"]ごみ箱に自動移動前よりabout.config　trueにしています。[/quote]
「about.config　true」何のことかわかりません。

ところで問題が生じているアカウントはPOP／IMAPどちらでしょうか。
IMAPサーバー上のメールがサーバー機能または他の電子メールクライントにより、既読になったり受信トレイから移動させられたりということではないでしょうか。

いったん、新しいプロファイルを作って（元に戻せます）アカウントを再度設定し、動作確認を行って状況を冷静に整理してはどうでしょう。
[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=18363]新しいプロファイルで Thunderbird の動作確認する方法[/url]

設定エディターを変えたところ、受信したメールが全て既読でごみ箱に移動されるようになりました。変えた部分はこの範囲内ですが、何度も変えた為、元がどうだったか覚えていません。
mail.server.server1.downloadUnreadOnly false
mail.server.server1.keepUnreadOnly false
mail.server.server2.downloadUnreadOnly false
mail.server.server2.keepUnreadOnly false
mailnews.mark_message_read.auto false

ごみ箱に自動移動前よりabout.config　trueにしています。

元々は「アカウント設定」→「サーバー設定」でThunderbird起動時にメールをダウンロードするように設定しても受信しないのを直したかったのと（現在は起動時に受信しています）、メッセージフィルターでスパムメールを迷惑フォルダとごみ箱に振り分けているのを未読で振り分けたかった（メッセージフィルターに未読を実行する項目があるのに気づかなかったようです）のでした。

Thunderbird　115.8.0（62bit）
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