私も同じ症状だったため検索して来ました。
自己解決しましたが、検索でこのページが一番上に来るため解決方法の記録を残しておきます。
なお、詳細は後述しますがこの方法はWindows 10以降のみ有効です。

1.かざぐるマウスのオプションの「マウスカーソルの下のウィンドウを常にスクロールする」のチェックを外す。
2.Windowsのデバイスのマウスの設定の「ポイントしたときに非アクティブウィンドウをスクロールする」をONにする。
以上です。

上記の「ポイントしたときに～」はWindows 10から実装された機能のようです。
逆に言えばそれ以前はその機能がなかったため、かざぐるマウスにその機能があったわけですが、今となっては不要どころか重複して不具合が起こる可能性すらあるので無効にしておいた方が良いでしょう。

あくまで私の環境では解決した、という事ではありますがWindows 10の方なら理屈としては上記の方法で恐らく解決するはずです。
ご参考に。

同じ事象でたどり着きました。
かざぐるマウスを止めると問題なし
「マウスホイール回転時の動作」のチェックは私の環境では関係ありませんでした。
と言うより、Thunderbirdのメニュー（ファイルとかツールとか）をクリックするか、
かざぐるマウスのオプション画面を開いて閉じるをするだけで
特に設定などの変更はなく回復します。（稀に回復しない時もある）
でもブラウザとか別のタスクをアクティブにしてThunderbirdに戻るとまた無反応。
Thunderbird起動直後も100%マウススクロールがきかないですね。

当方も全く同じ状況でした（かざぐるマウス使用）
ここにたどり着いて、かざぐるマウスの設定をイジってみたところ
オプション→ホイール→マウスホイール回転時の動作、のチェックをすべてOFFにしたら使用感が元に戻りました
元々の設定がどうなっているかで、元に戻る、というのが異なるとは思いますが、ご参考までに

調べてまでいただいて申し訳ありません！了解しましたありがとうございました！

かざぐるマウスについて調べてみました。

定番のマウス操作拡張ソフト「かざぐるマウス」が公開終了、サイト閉鎖 - 窓の杜

2013年10月に公開終了してサイトも閉鎖していました。
Windows 10が出る前にすでに歩みを止めていたソフトということになります。
しかも、作者は大手サイトに公開終了を依頼までしていました。
作者の意図を尊重してほしいと思います。

かざぐるマウスが原因との情報ありがとうございます。
しかし、ここはユーザー相互互助のフォーラムでMozillaの窓口ではありません。
かざぐるマウスの作者に問い合わせるのが筋かと思います。

Thunderbird内でスクロールバーが表示される全ての画面でスクロールが効きません。
マウスジェスチャーソフトのかざぐるマウスを使用しています。

・・・・
今念の為かざぐるマウスを一時停止してみたところ、スクロールが効きました…。
このソフトは今後も使いたいため、以前のようにスクロールが効くようにしていただけないでしょうか。私の方でも引き続きかざぐるマウスの設定を見てみます。

同様のトピックとして viewtopic.php?f=3&t=19050 もありますが、再現できておりません。
詳細を教えてください。
どの画面でマウスのホイール操作を行い、どの部分がスクロールしないのでしょうか。
マウス関連の外部ユーティリティはお使いでしょうか。
その他、気づいた点も教えてください。

91.3.0 (32 ビット)になった直後からマウスホイールスクロールが使えません。Thunderbirdでのみ発生しています。
Bluetoothマウスです。有線マウスを繋いでも同様でした。
Thunderbird をセーフモードで起動する、新しいプロファイルで試してみる、というのはやりましたが解決しません。