douraku さん、EarlgreyTeaと申します。
クイックフィルターではなくメッセージ検索で検索するとどうでしょうか。
フォルダーペインで統合フォルダー表示を使っていたらそれを無効にしてすべてのメール表示のみにするとどうでしょうか。

件名にあるとおりで、特定のメールだけが表示されません。

受信自体はPOP3で受信しているのですが、IMAPの設定で確認してみるとサーバーにはあり、
他の端末でも確認する事ができました。
また、クイックフィルターで検索をすると件数は出るのですがタイトルリストには何も出てきません。
フォルダーの修復もしてみましたが変化はありませんでした。

メールフィルターでの移動や削除なども一切ありません。

その他チェックする方法はありますでしょうか。
よろしくお願いします。