Bug 1896009 が esr115 にも反映されるようです。
115.13.0 です。

厳密なことを言うと再発とはちょっと違うかなと思います。

Ver.115.4.1で修正される前の症状は「新着メールを受信してもメッセージリストがそこに自動でスクロールしなかった」ということです。
アカウントとフォルダーの選択を繰り返す度に、スクロール位置が2番目→1番目→2番目…となる挙動は報告されていませんでした。
症状として違いますので別バグとなります。

私が最初は現象を確認できなかったのは観点が違っていたからなんですね。

EarlgreyTeaさん

どの時点から再発し出した等、詳細な調査と状況のご連絡、誠にありがとうございます。
既にDaily版では修正済みとのことで、アップデートを待つようにいたします。
些細なデグレでしたがこういうのが重大なバグになっては困りますので…とにかく原因が分かって良かったです。
ありがとうございましたm(__)m

リグレッション範囲から下記変更によるリグレッションと判明しました。

Bug 1883550 Avoid triggering synchronous reflow in when calculating TreeView's visible height

すでにバグ報告されていてDAILY版(nightly)では修正済みでした。

Bug 1896009 POP3 Inbox scroll position always on mail #2 since 115.10.1

私も Thunderbird DAILY 128.0a1 (2024-05-18) で修正されていることを確認しました。
重大度は設定されていませんが、優先度がP1なので順調に修正がアップリフトされて次くらいのESR版にも入ってくるんじゃないかなと思います

[quote="EarlgreyTea"]未読の新着メールを複数受信している状態で確認を行いましたが、
（中略）
POPの場合はアカウント経由してフォルダーを開く度に一番新しいメールと次のメールが「交互で」一行目になりました。[/quote]
この症状を各バージョンで調べたところ、[list]
[*]115.8.1：問題なし
[*]115.9.0：問題なし
[*]115.10.0：症状発生[/list]
となりました。
これを踏まえてリグレッション範囲を調べることにします。

kazさん、私もver.115.8.0だと大丈夫ですが、それ以降は最新版（ver.115.11.0）まで
現象は発生したままです。

分かり辛くて恐縮ですが、私の場合アカウントは6つ設定しておりますが、全てPOP受信です。
おっしゃる通り、「POPの場合はアカウント経由してフォルダーを開く度に一番新しいメールと次のメールが「交互で」一行目になりました。」というのが私が言いたかったこととなります。クリックで表示を切り替えた時のスクロール位置の問題です。
IMAPは受信設定しておりませんので挙動は分かりません。
アカウントを経由しなければ問題なく適切に表示されるので、重大なバグではなさそうなのですが、以前はこのような事象は起きていなかったと思いましたので気になって投稿させていただきました。

[quote="kaz"]右側上部のペイン上で未読メールが表示される→されない、が繰り返されます。[/quote]
されるとかされないとか、それじゃあ何のことかわからない。
そうツッコミ入れたいところだったのですが…実際に試してみてなんとなくわかりました。
これ、パターンが１つではないのですね。

降順のメッセージリストペインにおいて、一番新しいメールがリストの一番上の行で表示されるようにスクロールされていること。
これが期待結果で間違いないですね。
これに対して、そのように表示されないパターンが1つではないようです。

今ちゃんと調べる時間が取れないのであくまで現時点での私の理解ということになります。

未読の新着メールを複数受信している状態で確認を行いましたが、その場合の基本はアカウントを選択すると1行上に上がって、2番目に新しいメールが1行目に表示されてしまっています。
アカウント選択を経由しなければ、フォルダーを開く際に適切にスクロール位置が設定できているように見えます。

そして、IMAPの場合はフォルダーを開くと更新かかって1行スクロールして一番新しいメールが表示される。POPの場合はアカウント経由してフォルダーを開く度に一番新しいメールと次のメールが「交互で」一行目になりました。

しかし、未読と既読が混在していたりすると、そのパターンが崩れるみたいです。

上記の「最初に」は余計でしたので訂正します。
最初でなくてもアカウントを選択した場合は何度でも発生します。
また、余談ですが、他のアカウントを選択した場合でも発生します。
ただ、他アカウントのフォルダ等を選択した場合は発生しません。あくまでアカウントを選択した時にのみ発生するようです。（これが発生したりしなかったり、の原因だったかと思います。）

EarlgreyTeaさん

色々とご調査いただき、ありがとうございます。
私も当初発生したりしなかったりでよくわからなかったのですが、再現方法がわかりました。
昨日Updateしましたのでバージョンは115.10.2です。

説明し辛いのですが…未読メールがある状態をそのままにしておいて、左側のペインで
１．アカウントを選択（クリック）
２．未読メールがあるトレイを選択（クリック）
の2つの操作を繰り返すと、右側上部のペイン上で未読メールが表示される→されない、が繰り返されます。というか、この事象は「最初にアカウント行を選択」しない限りは発生しないようです。
他のフォルダやトレイを選択してから未読メールがあるトレイを選択すると、未読メールは問題なく表示されます。
未読メールがある状態をそのままにしておいて１と２を繰り返すと表示される→されないが交互に発生するので、事象がわかるかと思います。私のThunderbirdの問題だけでしたら…ごめんなさい。

私の常用環境ではIMAPアカウントが7個、POPアカウントが1個ありますが、いずれも本日最新の未読メールがメッセージリストペインの一番上の行に表示されています。
IMAPアカウント2つについては未読メールが30以上あり、起動した際のメッセージリストペインの表示行数（10行ほど）より多い状況です。
つまり、私の環境では本日のところ問題なしです。

なお、
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:115.0) Gecko/20100101 Thunderbird/115.10.2
です。

[quote="kaz"]並べ替え順序は送信日時、降順、非スレッドにチェックを入れております。
統合フォルダや検索フォルダは利用しておりません。[/quote]
クラッシック表示でもカードビューは使用できますが、おそらくテーブルビューをご利用かと思います。
常用環境のすべての受信トレイにて同じ設定にし、しばらく様子を見ることにします。

EarlgreyTeaさん

ご連絡ありがとうございます。お返事遅れて申し訳ないです。

OSを書き忘れていたのですが、Windows10です。
表示はクラシック表示にしております。左側にフォルダペイン、右側上段にメッセージリストペイン、右側下段にメッセージペイン、です。
並べ替え順序は送信日時、降順、非スレッドにチェックを入れております。
統合フォルダや検索フォルダは利用しておりません。

送信日時の降順表示なので最新メールが一番上に表示されるのですが、今日もやはり未読メールはスクロールしないと表示されませんでした。。

kaz さん
統合フォルダーや検索フォルダーを使用しているでしょうか。

[quote="kaz"]次のバージョンで直ると良いのですが。。。[/quote]
基本的に状況を正確に伝えずに自然に「直る」ということは期待できないと思ってください。

kaz さん
「メッセージリストの表示オプション」の設定を教えてください。
・テーブルビュー／カードビューのどちらか？
・並べ替え順序の3つのセクションでどれが選択されているか？