実際にブラウザ上でGmailを確認したところ、受信していました。

thunderbird上のメッセージフィルターを確認したところ、転送設定はされていませんでした。

Gmailで会社ドメインのメールを取得する設定がされていないでしょうか。
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こちらに関して、ブラウザ上でGmailの設定を確認したところ、設定されていました。
解決いたしました　ありがとうございました。

[quote="藤井1029"]会社ドメインの受信トレイに届くメールが、同一PCに設定しているgmailの受信トレイにも表示されてしまいます。[/quote]
同一PCというか、Thunderbirdの同じプロファイルに設定したGmailアカウントの受信トレイにも、ということですね。
それは「表示されて」いるだけなのでしょうか。
実際にGmailに届いていないか、ブラウザーでGmailを開いて確認されましたでしょうか。
会社ドメインの方でGmailへの転送を設定していたり、Gmailで会社ドメインのメールを取得する設定がされていないでしょうか。

会社ドメインの受信トレイに届くメールが、同一PCに設定しているgmailの受信トレイにも表示されてしまいます。