ちょっと私の環境で試してみましたが。

emlで保存して、普通にテキストエディタで開いてみたところ、ＪＩＳコードと認識され、読めました。

メール本文から必要なデータを抜き出すAccessのVBAを作っています。
Outlookではファイル－名前を付けて保存、でtextに保存し、上記のVBAから処理ができています。
Thunderbirdでファイル－名前を付けて保存－ファイル、でemlファイルとして保存し、上記のVBAから読込むと、ヘッダー部の英数文字は読込めますが、後半の日本語文字が文字化けします。
strconv　でunicode、fromunicodeなどやってみましたが変わりません。
何か特別な処理が必要なのでしょうか?