takumi さん、EarlgreyTea と申します。

バグだとお考えください。
下記トピックをご覧ください。

メッセージフィルタ設定後に通知が来ない

Thunderbird の通知について質問致します。

受信トレイのメールについてはデスクトップに通知されるのですが、フィルタ管理によりサブフォルダに振り分けられるメールについては音のみでデスクトップやアイコンに通知されません。
これは設定によるものでしょうか。
windows の通知トレイに通知されるようにするには、何か設定等必要なのでしょうか。

ご教示頂きたく存じます。
何卒宜しくお願い致します。