ドイミ さん、maji とゆ者です。

二つの事象、
一つ目が
[quote="ドイミ"]複数のアドレスを使っているのですが、一つのアドレスのみ過去のメールがどんどんと消えていってしまいます。
メッセージを自動削除にしないにも設定しているのですが何が考えられますか？[/quote]で、
二つ目が
[quote="ドイミ"]また、検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります。
そちらについてもご教示頂きたいです。[/quote]が並列し質問されてます。
根っこが同じか違うか今の時点では分からず、
違う話を平行して進めるとお互い混乱するので、
ひとつづつ取り掛かりましょう。

今回は二つ目の事象
[quote="ドイミ"]検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります。[/quote]から始めます。

-----

まず一点目。
今の時点で「プロファイルのバックアップ」を取りましょう。

Thunderbird　はインストールしたプログラムとは別に
メールアドレス情報その他の実行環境、通称「プロファイル」が作られます。
プロファイルが何処にあるかは以下のリンク記事を参照ください。
プロファイル取っておく事により、
もし何か操作ミスやアドバイスミスあって「余計に悪くなった」てなケースに
元に戻す事が可能になる可能性が作り出せます。

Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data

次に二点目。
質問です。

質問１。
その
「検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります」
のメールのプロトコルは、
POP でしょうか？ それとも IMAP でしょうか？？
もし IMAP だった場合は
何処のメールサービス(orプロバイダ)をお使いでしょうか？？？

質問２。
その
「検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります」
のメールは、
最初の質問にあった
「複数のアドレスを使っているのですが、一つのアドレスのみ」と同じでしょうか？

質問３。
その
「検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります」
のメールの
「保存されているはずのフォルダ」
とは、
具体的に何処のフォルダでしょうか？
「受信トレイ」ですか？？
それともご自身で作られたフォルダでしょうか？？

-----

とりあえず、以上、かな。

複数のアドレスを使っているのですが、一つのアドレスのみ過去のメールがどんどんと消えていってしまいます。
メッセージを自動削除にしないにも設定しているのですが何が考えられますか？

また、検索をするとメールが出てくるのですが保存されているはずのフォルダをみてもメールが無いこともあります。そちらについてもご教示頂きたいです。
よろしくお願いいたします。