藤井1029 さん、maji です。

[quote="藤井1029"].emlファイルを旧パソコンからコピーし、新パソコンのthunderbird上にペーストした際に、重複したメールが何十件かあります。
アドオン機能「Remove Duplicate Messages」で削除する方法は見つけたのですが、他に方法はございませんか？[/quote]
まず、、、、
お使いのプロトコルは pop ですよね。
もし imap であれば話が全く違ってくるので早めにお教えください。
以下 pop 前提で話を進めます。

私も割と頻繁に「受信メールを重複させちまう」事があります。
重複させちまう原因はその都度いろいろあるので省略しますが。　ヾ(^^;;
そして[quote="藤井1029"]アドオン機能「Remove Duplicate Messages」で削除する方法は見つけたのですが、[/quote]との事ですが、
私も同じ情報には辿り着いています。

以下は「推測」ですが
藤井1029 さんのお手元の状況と合っているでしょうか。

・旧パソコンの Thunderbird(のプロファイル)は問題なく正常である
・旧パソコンの Thunderbirdは pop でかつ受信後一定期間サーバにメール残す運用をしていた
・新パソコンに Thunderbird新規インストールした
・新パソコンの Thunderbirdは pop でサーバ上のメールをあらためて全て受信しなおした
・その後に旧パソコンから .eml の形でメールを新パソコンに持ち込んだらメール重複が発生した

もし上記状況であれば、
その重複したメールに発生条件は確定しますよね。
例えば「ある一定期間受信したメールのみ重複してる」とか。

重複条件が「ある一定期間受信したメールのみ」であれば、
もし私であればアドオン機能「Remove Duplicate Messages」はあえて使わず
日付順にソートした上で目検で確認しつつカーソルキーと Delキーを交互に押しながら削除して行くでしょう。
「重複したメールが何十件かあります」→ せいぜい 100通以内なので
ちょっと辛抱して「カーソルキーと Delキーを交互に押しながら削除」でなんとかなると思います。
私もつい最近に約千件の重複をヤッつけたばかりです。

[quote="藤井1029"]旧パソコンからプロファイルをコピーして、新パソコンでそのプロファイルを読み込む方が楽でしょうか[/quote]
もし上記「推測」通り旧パソコンの Thunderbirdプロファイルに何も問題が無いのであれば
旧Thunderbirdプロファイルそのままコピー移行するのが無難かと思います。
ただ、
既に新パソコンに Thunderbird新環境(ただし重複メール有り)を作られてるので、
そして重複メール削除処理されるのは今回一回限りであれば、
後は、

(あ) あらためて新パソコンに旧プロファイル移行コピーして新プロファイル作り直す
(い) 上述した通り目検確認しつつ重複メール削除する

のドチラを選ぶか、
ドチラを選んだ方の手間が多いか少ないかを 藤井1029 さんがどう判断されるか、でしょうか。

【補足】　私があえて「カーソルキーと Delキーを交互に押しながら削除」を勧めるのは
　　　　　「重複条件は確定してる」「重複削除は今回一回のみ」だから、です。
　　　　　一応、念の為。

【追記】　もし上記(あ)を選ばれるのであれば
　　　　　念の為に現時点の重複メール含むプロファイルもバックアップ取り残しておきましょう。
　　　　　もしくは
　　　　　Thunderbird は複数プロファイル並列運用出来るので
　　　　　しばらくは両方並列させるのもアリかもしれません。

では。

.emlファイルを旧パソコンからコピーし、新パソコンのthunderbird上にペーストした際に、重複したメールが何十件かあります。アドオン機能「Remove Duplicate Messages」で削除する方法は見つけたのですが、他に方法はございませんか？
旧パソコンからプロファイルをコピーして、新パソコンでそのプロファイルを読み込む方が楽でしょうか

ご回答のほどよろしくお願いいたします。