merino20220221 さん、maji です。
お手元の状況の整理報告ありがとうございます。

一言で最新の状況を表現すると
との事でしょうか。

とは言いつつも、
いただいた情報で気になったのが２点ほど。

１つ目。

ここまでプロバイダから情報がもらえてるのであれば、
削除発生した日時/時刻も判ってるはずで、
何月何日の何時何分何秒てな発生時刻まで判れば
「そのタイミングで何が起こったか」は絞り込み出来たのではと思ったりします。

2つ目。

もしかしたら、その該当の PCの Thunderbitd設定が POP になっていたのではないでしょうか。
POPだとカラーラベルは PCローカル側でしか処理されずサーバ側には付きません。
何かの拍子に「受信(ダウンロード)後サーバから削除」になっちまてたのではないでしょうか。
ただし
既に「サンダーバードを初期化した」為に今の時点では検証は出来ませんが。

いずれにせよ
上記に記した通り
なので、
次に同じ事象が発生した時にあらためて解析する事となるのでしょう。

では。

ご回答ありがとうございます。質問がざっくりしていてすみません。
下記質問への回答です。
※現在は全員のアカウントを初期化（プロファイルを新規作成して再インストール済み）して、
　サンダーバードを引き続き使用していますが、今回の事象は継続していないようです。

【質問１】
＞・メール消失は１通だけでしょうか？
メールプロバイダーに確認したところ少なくとも12件は消失しているということでした。

＞・それとも連続した複数通でしょうか？？
＞・もしくは連続はしていないランダムな複数通でしょうか？？？
連続しているわけではなく、弊社に対して複数のお客様から送られてきたメールが消失しています。


【質問２】
＞共有されてる 4人全員が IMAP ですよね。そしてその 4人とも Thunderbird でしょうか？
はい、4人ともThunderbirdです。同じアカウントを4人がそれぞれのPCから見ている状態です。

【質問３】
＞削除はしていなくても受信ボックス以外へメール移動させる等の操作はされていませんか？
メールを移動させることはしていません。確かにメールを移動させるとメールが消えてしまうようなことが過去にあったので、この手の操作は実施していないです。
事象を発見した人に確認しましたが、『受信ボックスに新着メールが来ていて、後で確認しようと思っていたが、いきなり跡形もなく消えていた』ということでした。
メールプロバイダーにも確認したのですが、『弊社PCのIPアドレスから削除されたというログが残っている』と言われましたが、削除操作というものをしていないので、ソフトウェアの不具合なのか、原因不明の状態です。

【質問４】
＞Thunderbird動かしている 4台の PCだけでなく、
＞例えばスマホやモバイル用の PC等々、他にメールアクセスしている環境はありませんか？
この4台に加えて、他の社員一名も同アカウントを自分のPCのサンダーバードから閲覧可能な状態ではありましたが、その社員は何も操作していませんでした。
本事象が初めて起こったのは1月中旬くらいですが、可能性として考えられるのは、
その4人のうちの一人の社員が別の共有アカウントを自分のPCに作成して、普段とは異なるIPアドレスから接続をし始めたことくらいですが、これが原因とは少し考えずらいです。
（業務の関係上、現在２拠点でお客様からのメールを捌いておりまして、一人の社員が両拠点を一時的に担当するようになったという状況です。2拠点はそれぞれ異なるIPアドレスですが、そのほかの環境はすべて同じです。サンダーバードを使用していますし、同じメールプロバイダを使用しています。）
その他気になる点としては、その両拠点を担当していた社員のサンダーバードの設定を、他の社員と同じように設定していたのですがうまく機能していませんでした。共有メールアカウントでは、メールにカラーラベルを付与して、誰がどのメールを担当するのかわかりやすいようにしていますが、その社員だけカラーラベルが反映されないという事象が、両拠点担当開始直後から発生していました。サンダーバードを初期化したところこの事象は解消したようです。

【質問５】
＞お使いのメールサービスは何処のサービスすか。
一般プロバイダのものになります。
メールサーバーのみレンタルしてメールソフトをサンダーバードで運用している状況です。
Gmail等の大手無料系サービスではありません。

上記で回答になっておりますでしょうか。

merino20220221 さん、maji とゆ身のです。

まだ何方からもコメント投稿無いみたいなので、、、、、
もう少し詳しくお手元の状況をお教えください。

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【質問１】
問題事象ですが、
メール消失は１通だけでしょうか？
それとも連続した複数通でしょうか？？
もしくは連続はしていないランダムな複数通でしょうか？？？

消失してる状況をもう少し詳しくお教えください。

【質問２】

共有されてる 4人全員が IMAP ですよね。
そしてその 4人とも Thunderbird でしょうか？

【質問３】

「誰もメール削除のアクションを取っていないにもかかわらず」との事ですが、
削除はしていなくても受信ボックス以外へメール移動させる等の操作はされていませんか？
もし移動させたフォルダが IMAP上のフォルダではなく各自の PCのローカルフォルダだったりすると
他の IMAP利用者からは見えなくなります。

【質問４】
Thunderbird動かしている 4台の PCだけでなく、
例えばスマホやモバイル用の PC等々、他にメールアクセスしている環境はありませんか？

【質問５】
お使いのメールサービスは何処のサービスすか。
勤務先内独自構築のものですか？
Gmail等の大手無料系のサービスですか？？
一般プロバイダのものですか？？？
差し支えない範囲でお教えください。

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では。

サンダーバードを使用していますがアカウントの受信ボックスから一部のメールのみ消失する事象が発生しております。
当該アカウントは4人で共有して使用する共有アカウントですが、
誰もメール削除のアクションを取っていないにもかかわらず、サーバー自体からメールが消失しています。
メールのプロトコルはIMAPです。
今回本事象の発生は二回目で、一回目は一ヵ月ほど前に起きています。
OSはWindows10です。

4人はそれぞれ個人メール用のアカウントも使用していますが、各個人アカウントのメールに対しては同様の事象は発生しておらず、共有アカウントでのみ発生しております。