私も同じ状態になりました。
（同一フォルダ内の特定メールのみが表示されない。検索結果では表示される。）
原因・トリガーが不明ですが、
「フォルダーを修復」を実行したら、表示されるようになりました。
マジ、助かりました！

私も本日、まったく同じ状況になり、こちらにたどり着きました。

テスト送信や何人からかのメールは受信トレイに入っているのに、
CCで他のメールにも返信をお願いしたものが、CC先には受信するのに、
サンダーバードでは受信トレイに入らず（検索すると受信している）、
入るものと入らないものがあるので、いったいどいういうこと？？だったのですが、
こちらのご示唆に従い、フォルダーを最適化したところ、すべて受信できました。

こちらにたどり着かなければ仕事になりませんでしたので、大変助かりました。
ありがとうございました。

私も同じ状態になりました。
原因はセキュリティそソフトやスパムの設定ではなく
Thunderbirdの強制終了により、受信トレイが破損していたようです。
「フォルダーを修復」を実行したら、表示されるようになりました。

同様の状況において，
「フォルダを最適化」を実施して改善しました

一つの情報として書いておきます。

私も[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#dee3e7]hirooさん、[/highlight][/font][/b][b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]soppoさんと同じ状況になり、検索していたところこちらにたどり着きました。[/highlight][/font][/b]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][/font][b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]①メールが届いている（gmailに全メールを転送しているため、そちらでわかる）にも関わらず受信トレイに表示されない。[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]②検索してみると、受信トレイに存在している。[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]③検索して出てきたメールは本文も読める。[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]という状況です。[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]
[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]私もフォルダ修復を行うと、すべて受信トレイに表示され元に戻りました。[/highlight][/font][/b]
[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef][b][b]最近フォルダの最適化を行ったので、何か関係があるのでしょうか。[/b][/b][/highlight][/font][/b]

[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]何はともあれ、こちらの情報がなければ解決でき[/highlight][/font][/b][b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]ていなかったと思います、ありがとうございました。[/highlight][/font][/b]

hirooさん、majiさん
横から割り込み失礼します。

私もhirooさんと同じ症状だったため、ググっていたところ、こちらにたどり着きました。

そこで、majiさんが提案されていた
「Thunderbird上の「受信トレイ」フォルダのプロパティの中の「フォルダーを修復」」をしたところ、

ここ数か月ほど見つからなかったメールが無事表示されるようになりました。

というわけで、hirooさん、majiさんには、間接的にお世話になりました。
ありがとうございます。


なお、当方の環境は以下の通りです。
win10 pro
Version 52.6.0(32bit)

hiroo さん、maji です。
ちと諸行無常さんとのやりとりにスペース使っちまったので
確認の意味も含めてコメント投稿やり直します。
大きく２点、
現状確認編とアドバイス編とに分けて書きます。

-----

１点目、現状確認について。

そもそものお困りの現象は

・受信したはずのメールが 受信トレイ のメール一覧に表示されない
・検索機能で該当のメールを探してみると 受信トレイ に入っている事になっている
・検索機能で見つけたメールの本文は正しく見える　★1
・全てではなく、ある特定のメール(1通or複数通)でのみ生じる
・お使いの Thunderbirdは POP で使っている　　★2

でヨロシイでしょうか？
ちなみに ★1 と ★2 の部分は私の推測です。

推測の箇所も含めて私の理解＆推測が間違っていないかどうか
念の為に確認＆お教えください。

-----

２点目、アドバイスについて。

最初の方でリンク紹介した
https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=16743
の書き直しです。

Thunderbirdの受信メールデータ(→プロファイル)の中では
メール本体ファイルとメールの要約ファイルの２つで「受信トレイ」及び他のフォルダは構成されています。
なんとなくですが
メール本体ファイルと要約ファイルの「つじつま」関係が壊れているように思われます(推測)。

操作(1)。
Thunderbird上の「受信トレイ」フォルダのプロパティの中の
「フォルダーを修復」したら表示はどうなりますか？
また
そのプロパティに表示されてるメッセージ数とサイズ値はどう表されていますか？？

操作(2)。
Thunderbirdプロファイルの中の 受信トレイ の情報は

Inbox
Inbox.msf

のセットで
Inbox はメール本体で Inbox.msf は要約情報のはず。

もし上記の操作(1)で解決しない場合
Thunderbitdを終了させた状態で Inbox.msf だけ削除し
Thunderbitdを起動し直してみたら
どうなりますか？
Inbox だけあって Inbox.msf が無いと
たしか Inbox を元に Inbox.msf を作り直してくれるはず、、、。。。

なお
元に戻せる様にファイルの削除の前にバクアップ取っておいてくださいね。
Thunderbirdプロファイルについては

Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data

に情報があります。
特にプロファイル内のファイルを削除する党の行為をする場合は
上述のプロファイル全体を丸ごと別の場所にバックアップ(コピー)した上で行いましょう。

-----

以上。



.

諸行無常 さん、maji です。
少し辛口な表現になっちまっている点につきご容赦ください。

[quote="諸行無常"]文面を厳密には解釈をしていません。[/quote][quote="諸行無常"]そのため、投稿された文面から「雑感」での返信になります。[/quote]
ちと残念です。
せっかく[quote="hiroo"]初めて書き込みいたします。[/quote][quote="hiroo"]※情報不足でしたらすみません。[/quote]とまでコメント付けられ情報記載されてるのですから、
誰でも「読み込み違い」はありますが、
少なくとも書かれてる事象ちゃんと読み込んでから返答しましょう。




ちなみに私の感覚は以下の通りです。

[quote="諸行無常"]スパムフィルターは、
プロバイダ（ISP）のサーバーで施すもの。
McAfee などのセキュリティーソフトが処理するもの。
Thunderbird のスパムフィルターで振り分けするもの。と多種多様です。[/quote]最初のサーバ側フィルタだとそもそもパソコン側Thundwerbirdまでメール来ないので却下、
三番目だと Thunderbirdの受信トレイには残らないので検討外と考えました。
真ん中のセキュリティソフト影響については
私自身 hiroo さんの手元の現象と説類辻褄あわせられないのですが
セキュリティ関連アプリは何仕出かすか判らないので積極的に対象外にし辛く
hiroo さんお使いのセキュリティ関連アプリのログを調べてみる等については
やってみるべきかなと思います。

[quote="諸行無常"]先ず、セキュリティーソフトのスパムフィルターを点検してみて下さい。[/quote]念の為に
上述の通りセキュリティ関連ソフトの処理ログ等を点検してみてください。

[quote="諸行無常"]Thunderbird のスパムフィルターは、Thunderbird と迷惑メール | Thunderbird ヘルプ を確認して下さい。
Thunderbird でのスパム振り分けならば、迷惑メールフォルダーに隔離されています。[/quote]Thunderbirdスパムフィルタ振り分けであればメール本体は受信トレイには残っていないはずなので
私の検討からは外しています。
Thunderbirdスパムフィルタ自身が壊れてる(誤動作してる)可能性はありますが
今はそこまでは踏み込んでいません。

[quote="諸行無常"]問題は、Thunderbird の メニュー ＞ アカウント設定 ＞ 迷惑メール ＞ 移動先と保存期間（任意設定項目）での削除期間を過ぎれば「削除」されてしまうので注意が必要です。[/quote]これも同様で
もし削除されていれば受信トレイには残っていないはずなので
現時点の私の検討からは外しています。

[quote="諸行無常"]スパムメール（迷惑メール）の振り分け基準については、
(以下省略)[/quote]この部分も現時点で直接的に hirooさんがお困りの現象の切り分けではないのではと思います。

諸行無常 さんのコメントそのものは含蓄溢れ有用なものが多いですが
場合によっては質問投稿者ミスリードにもなりかねないので
元投稿をちゃんと読み込んでから返信投稿いただけるように
お願いします。


.

文面を厳密には解釈をしていません。
注目したポイントは
[quote="hiroo"]
受信したはずのメールが表示されないんです。
特定のアドレスからのメールではなく、特定のメールだけが表示されないんです。（3メガくらい）[/quote]
です。
当フォーラムに関われる時間は、せいぜい、平日の火～木での夜間 2 時間 ± ほどなので、応答しながらは困難です。
そのため、投稿された文面から「雑感」での返信になります。

maji さんが対応されたのならば、今後は安心です。
お任せします。
では。

諸行無常 さん、maji です。
一つ質問させてください。

[quote="諸行無常"]状況からは、該当の差出人からのメールは「スパム（迷惑）メール」と判定され、隔離されていると思われます。[/quote]
諸行無常 さん指摘のスパムメール隔離の場合に
[quote="hiroo"]受信したメールは、受信トレイに表示されるはずなんですが、
受信したはずのメールが表示されないんです。
しかし、検索機能で、該当のメールを探してみると、
『受信トレイ』に入っていることになっているんですが、なぜか表示されない。[/quote]てな事象は
どう説明つけれるのでしょうか？？？


では。


.

hiroo さん、maji と言います。

[quote="hiroo"]しかし、検索機能で、該当のメールを探してみると、
『受信トレイ』に入っていることになっているんですが、なぜか表示されない。
しかも、特定のアドレスからのメールではなく、特定のメールだけが表示されないんです。（3メガくらい）[/quote]

「受信トレイ」と「送信済トレイ」との違いはありますが
次の

送信済みトレイ内にメールが表示されない
https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=16743

のスレッドに
似てるのではと思われる投稿があります。

「送信済トレイ」を「受信トレイ」に
「 Sent と Sent.msf 」を「 Inbox と Inbox.msf 」に
それぞれ読み替えていただき
hiroo さんの手元の現象と同じかどうかも含めて参考にしてください。

なお
プロファイルの中のファイルを直接イジる歳には
かならずバックアップを取りイザとゆ時に元に戻せるようにしてください。


では。



.

状況からは、該当の差出人からのメールは「スパム（迷惑）メール」と判定され、隔離されていると思われます。

スパムフィルターは、
プロバイダ（ISP）のサーバーで施すもの。
McAfee などのセキュリティーソフトが処理するもの。
Thunderbird のスパムフィルターで振り分けするもの。と多種多様です。

文面からは、その判別ができかねます。
先ず、セキュリティーソフトのスパムフィルターを点検してみて下さい。
特定された相手ならば、経路が明らかなので、プロバイダ（ISP）も特定できます。

Thunderbird のスパムフィルターは、[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/thunderbird-and-junk-spam-messages]Thunderbird と迷惑メール | Thunderbird ヘルプ[/url] を確認して下さい。
Thunderbird でのスパム振り分けならば、迷惑メールフォルダーに隔離されています。
そのフォルダーから任意のフォルダー（受信フォルダーなど）に移動させれば、その分は解除できます。

問題は、Thunderbird の メニュー ＞ アカウント設定 ＞ 迷惑メール ＞ 移動先と保存期間（任意設定項目）での削除期間を過ぎれば「削除」されてしまうので注意が必要です。

迷惑メールフォルダーからの移動方法：
迷惑メールフォルダーのメッセージ（件名）を 右クリック ＞ マーク ＞（連続するものは、Shift +／不連続するものは、Ctrl +）迷惑メールマークを解除 で、該当アカウントの「受信フォルダー」に移動されます。
（メニュー ＞ メッセージ ＞ マーク ＞ 迷惑メールマークを解除）でも同一です。

スパムメール（迷惑メール）の振り分け基準については、
[url=http://www.excite.co.jp/News/bit/00091188750177.html]私のメールが「スパム扱い」されやすい理由 - Excite Bit コネタ[/url]
その対策については、
[url=https://hbol.jp/66482]あなたのメールが迷惑メール扱いされないようにするための7つの方法 | ハーバービジネスオンライン[/url]
が、参考になります。
では。

初めて書き込みいたします。


どなたかお教えください。受信したメールは、受信トレイに表示されるはずなんですが、
受信したはずのメールが表示されないんです。



しかし、検索機能で、該当のメールを探してみると、
『受信トレイ』に入っていることになっているんですが、なぜか表示されない。
しかも、特定のアドレスからのメールではなく、特定のメールだけが表示されないんです。（3メガくらい）


原因がわからず、非常に困っています。

環境としては、OS：ウィンドウズ7　　サンダーバードのバージョンは、52.4.0(32bit) ※情報不足でしたらすみません。