FiltaQuilla試しました。
コピーした後に移動が，うまくいっています。
ありがとうございました。

コメント有難うございます。
はい，メッセージが1件だと問題ないですが，複数だとかなりの確率で再現します。
拡張機能の FiltaQuilla，試してみます。情報有難うございました。

同様なコピーして移動するというメッセージフィルターを Gmail、Hotmail、zoho のIMAPで試してみました。
メッセージ一通の受信では問題ないのですが、一度に複数メッセージを受信した場合に2通目以降で空コピーが発生するようです。
Takemi さんの方でも同じ状況でしょうか。

【追記】
拡張機能の FiltaQuilla
https://addons.thunderbird.net/ja/thunderbird/addon/filtaquilla/
https://quickfilters.quickfolders.org/filtaquilla.html
を入れると、メッセージフィルターに条件と動作を追加します。
「Move Later」という動作を使うと、メッセージ移動を遅延させることができます。
私は効果があったので試してみてください。

・iCloudのメールをLocal Foldersの中の特定のフォルダにコピー」
だけであれば，正しくコピーされます。

コピー後，再度移動のフィルタだけ動作させる（二段階の操作）だと問題ないです。

従って，コピーする前に，移動処理されて，コピーしようと思ったらもう本体(コピー元)がない，と言うような状況かなと思うのですが。ただ，コピーが終わってから移動させる，という二段階の作業を自動で行うすべもなく困っています。

Takemi さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="Takemi"]同様の事態を解消された方，いらっしゃれば，アドバイスいただければ幸いです。[/quote]
私は iCloud を使っていませんので直接的なアドバイスは出来ませんが、
「おおむね80%のメールがこの現象」というあたり、タイミングが絡んでいるように思われます。

[quote="Takemi"]・iCloudのメールをLocal Foldersの中の特定のフォルダにコピー」[/quote]だけ動作させて、
[quote="Takemi"]・iCloudのメールをiCloud内の受信フォルダではない「コピーすみ」フォルダに移動[/quote]は停止させたらどうなるでしょうか

メッセージフィルタで下記の動作を設定をしています。

・iCloudのメールをLocal Foldersの中の特定のフォルダにコピー
・iCloudのメールをiCloud内の受信フォルダではない「コピーすみ」フォルダに移動

現象
Local Foldersの中の特定のフォルダにコピーされたメールが，タイトルは見えるものの，中身が空のことが多い。おおむね80%のメールがこの現象。
コピーより先に移動が動作して，何もコピーされないのかと思い，コピー+移動を1つのフィルタ内で設定していたのを，2つのフィルタに分割してみたものの，改善せず。
同様の事態を解消された方，いらっしゃれば，アドバイスいただければ幸いです。
Mac OS 10.14.6
Thunderbirs 91.4.0