レーザーバター さん、その後いかがでしょうか。

[quote="レーザーバタ"]Thunderbird：91.2.0 (64 ビット)[/quote][quote="レーザーバタ"]受信サーバーについて旧アカウントはPOPでしたが、現在はIMAPサーバーです。
また、旧アカウント（POP）に届いたメール新アカウント（IMAP）に転送する設定にしています。[/quote]
もし、新アカウントの IMAP が Gmail もしくは UTF8 = ACCEPT をサポートするIMAPサーバーだった場合、日本語フォルダーの実体名がリネームされたことによりフィルターが動作しなくなる事例に該当するかもしれません。

Bug 1739903 After updating to Thunderbird 91, message filters that refer to folders with non-ASCII names in Gmail will need to be manually modified

EarlgreyTea様、ありがとうございます。

拙文で申し訳ありません。
挙げてくださったトピックと同症状です。
（加えて、自動下書き保存されたものも受信フォルダに分類され、途中送信との見分けがつかない状態です）


hiroshi_Y氏同様社内PCのため、時間の合間に徐々に切り分けして進めていきます。

受信サーバーについて旧アカウントはPOPでしたが、現在はIMAPサーバーです。
また、旧アカウント（POP）に届いたメール新アカウント（IMAP）に転送する設定にしています。

「迷惑メール分類前/後に実行」はどちらにしていても問題が発生した為、どちらでもと思い分類後に設定していました。
バグ報告に従い、分類前に直しておきます。

レーザーバター さん、EarlgreyTea と申します。

[quote="レーザーバター"]新規受信メールが受信トレイとサブフォルダ間で移動し続けて閲覧できずに
新着通知数がどんどん増えていく現象が起きています。[/quote]
これですと、何が起きているのか理解しづらいですが、なんとなく下記の過去トピックと似た症状のような気がします。

[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=15543]Thunderbird 38.1.0のメッセージフィルタでフィルタリングがループ[/url]

どうでしょう。

[list]
[*]まずは、 https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=15543#p55557 のアドバイスにある切り分けのための対処を行ってください。
[*]Thunderbird のアカウントは IMAP でしょうか。
[*]移動先のフォルダーは、受信トレイの下にサブフォルダーを作るのではなく、受信トレイと並べてフォルダーを作るようにはできないでしょうか。
[*]「迷惑メール分類後に実行」は避け、「迷惑メール分類前に実行」にはできないでしょうか。[/list]

参考：
[list]
[*] Bug 1215933 FIlter loop moving messages using post-processing filters(infinite loop of filter move when "Filter after Junk Classification" is used. caused by bug 770137 and bug 1320676)[/list]

パソコンを一新しThunderbirdのメッセージフィルターを以前と同様に作成したところ
新規受信メールが受信トレイとサブフォルダ間で移動し続けて閲覧できずに
新着通知数がどんどん増えていく現象が起きています。

フィルターは上から順に評価されていくとのことなので
各フィルターの設定は重複する部分があっても問題ないと考えていました。

フィルターのチェックマークは「手動時に実行」、「新着メール時に実行（迷惑メール分類後）」に
チェックをつけています。
試しにフィルター設定に移動の後にフィルターの動作を停止するを入れてみましたが、
それでも同様の現象が確認されます。

各フィルターの設定は重複させるべきではないのでしょうか？
（そうなると設定がかなり細かくなりそうですが...）

スペック
エディション：Windows 10 Pro
バージョン：20H2
OSビルド：19042.1237

Thunderbird：91.2.0 (64 ビット)