BUG さん
ごみ箱の修復はできたようですが、このトピックをより良いものにするため、いくつかお尋ねしたりしますのでご協力ください。

まず、OS環境は Windows 10 だと思いますが、Thunderbird のバージョンを教えてください。

[quote="BUG"]複数のメールアドレスを登録していて、その中の一つのアカウントで、[/quote]
・それぞれのアカウントの種類（POP／IMAP）を教えてください。（例：POPが◯個、IMAPが△個）
・問題が発生したアカウントの種類、使用しているメールサービス（サーバー）を教えてください。
・そのアカウントの受信トレイとごみ箱は、自身のアカウントの下にありますか？それとも「ローカルフォルダー」の下ですか？

[quote="BUG"]右クリックして「最適化」や、プロパティを開いて「フォルダーを修復」しても[/quote]
フォルダーの「最適化」と「フォルダーを修復」の違いを理解しておきましょう。

表示上の問題を解決するかもしれないのは「フォルダーを修復」の方です。
メッセージの格納形式が「フォルダー単位 (MBOX形式)」の場合、フォルダーのメールデータは拡張子無しの1つのファイルにまとめられて保存されています。
そして、それに対応する拡張子が .msf のインデックスファイルも生成されます。
Thunderbird は、この .msf ファイルを元にしてメッセージリストペイン（メール一覧）を表示したりしていますので、メール一覧が表示されない／メールの削除や移動が画面に反映されていないなどの場合に、「フォルダーを修復」により .msf ファイルを作り直すと解決する場合があります。

一方、「最適化」は拡張子無しファイルのサイズをコンパクトにする処理です。
Thunderbird でメールを削除や移動しても実際のデータは削除されず、削除や移動を示すマークが付けられただけの状態となっています。
最適化を行うと、それらのマークが付いた部分を詰めて保存し直します。
https://support.mozilla.org/ja/kb/compacting-folders
これは表示上の問題を解決する手段ではありませんし、悪い状況において行うとある意味「止めを刺す」ようなことになる可能性もあります。

[quote="BUG"]よくよく見てみると「ごみ箱」のフォルダが無い、消えていました。[/quote]
ごみ箱の消失は、よくよく見るまで気づかなかったということのようですが、最後にごみ箱を確認したのはいつでしょうか。
そして、そこから消失に気づいた時点までの間で、なにかきっかけになりそうな事に心当たりはないでしょうか。
例えば、Thunderbird の起動・終了、終了できなくてタスクマネージャーで強制終了した、アップデート、メールの削除（ごみ箱送り）を頻繁に行った、フォルダーの自動最適化が発動した・・・など。

ごみ箱が消失したという話は度々目にするのですが、私自身は一度も体験したことがなく、発生に至る状況が謎です。
そのため、このフォーラムで報告された方には、発生に至る状況についてお聞きしています。
ご協力お願いいたします。

ヘルプの通りにMailフォルダーを開いたのですが、Trashのファイルは存在してませんでした
なので６まで過程をすっ飛ばして「新しいフォルダー」で「Trash」を作成したところ、ごみ箱として認識してくれてメールと、先ほど作ってしまった「ごみ箱」フォルダも削除できました。

ありがとうございました

取り急ぎ、出先からなので簡単ではありますがコメントします。
POPアカウントと仮定しますが、「ごみ箱」というのは翻訳された表示名でして、実体の名前は異なります。
本当の名前は「Trash」です。
下記をご覧ください。

[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/cannot-delete-messages]Thunderbird でメッセージが削除できない | Thunderbird ヘルプ[/url]

複数のメールアドレスを登録していて、その中の一つのアカウントで、受信したメールを削除しようとしても何の反応も無くて削除できなくなりました。
右クリックして「最適化」や、プロパティを開いて「フォルダーを修復」しても変わらず、よくよく見てみると「ごみ箱」のフォルダが無い、消えていました。

「ごみ箱」が無いから「メールをごみ箱に送る」という処理が出来なくなったのだと思いますが、
単純に「新しいフォルダー」でごみ箱という名前のフォルダーを作っても駄目で「ごみ箱」とは認識してくれず、却ってそのごみ箱フォルダーまで削除できないという悪化。

新しく「ごみ箱」を作るにはどうすればいいのでしょうか？