EarlgreyTeaさん、ご丁寧に詳しく教えて頂きありがとうございます。
まずは、メールサーバ移行の際、自分の環境で試して上手くいったら他の方のThunderbirdでも作業を行おうと思います。
本当にありがとうございました。
助かります！

kazuya さん、EarlgreyTea です。

レンタルサーバーのエックスサーバーをご利用で、今度 Exchange Online への移行を予定しているのですね。

[quote="kazuya"]msgFilterRules.datというファイルが[英数字].default-releaseの方にImapMailフォルダがあり、そこにいくつかフォルダがあり(sv****.xserver.jp、sv****.xserver-1.jp、sv****.xserver-2.jp)などの中にそれぞれmsgFilterRules.datが入っております。[/quote]
プロファイルフォルダー直下の、POPの場合は Mai、IMAPの場合は ImapMail というフォルダーの下に、受信メールサーバー名でメッセージの保存先フォルダーが作成されるのが標準です。
同じサーバー名の複数のアカウントを設定したり、アカウント設定を作り直したりすると、自動で連番が挿入されます。
実際に使用しているフォルダーは、アカウント設定でご確認願います。

[quote="kazuya"]具体的にどのような作業を行えばよいかわかりますか？[/quote]
実際に msgFilterRules.dat ファイルをテキストエディター（Windows 10のメモ帳でも可）で開いて見てみてください。
メッセージフィルターの各ルールはそのように記述されて保存されています。

振り分けの場合は action が "Move to folder"、actionValue に移動先フォルダー（メールボックス）が指定されています。
POPだと頭に「mailbox://」、IMAPだと「imap://」、それに続いて「ユーザー名@サーバー名/フォルダー名」という書式となります。
そのため、ファイルをコピーして持ち込んでも、サーバーやアカウント情報が変更なら、これらの移動先フォルダーの指定がすべて不正なものになってしまうわけです。

したがいまして、ファイルを直接編集して正しいフォルダー指定に修正するか、Thunderbird上でルールを一つ一つ編集してフォルダー指定を修正していくことが必要になります。

EarlgreyTeasさん
早速のお返事ありがとうございます。
現在当社では、レンタルサーバであるXserverのメールサーバを使用しております。
法人向けメールサービスのXchange onlineへの移行を考えております。
当社では約100名Thunderbirdを使用しており、各個人メッセージフィルタを使用しております。
多い人では10個程フォルダを分けて受信しております。
msgFilterRules.datというファイルが[英数字].default-releaseの方にImapMailフォルダがあり、そこにいくつかフォルダがあり(sv****.xserver.jp、sv****.xserver-1.jp、sv****.xserver-2.jp)などの中にそれぞれmsgFilterRules.datが入っております。私はIMAPを使用しているので、POPの方は別のフォルダかもです。

・GUI上でフォルダー設定をすべてやり直すか、ルール（テキストデータです）をテキストエディターで開いて移動先指定を書き換える必要があるかと思います。
との事ですが、具体的にどのような作業を行えばよいかわかりますか？
ネットでも調べたのですが、方法が載っておらず。

質問ばかりで申し訳ございません！

[quote="kazuya"]現在、会社で使用しているメールサーバはXServerなのですが、メール容量の問題でこの度MicrosoftのXchangeに移行しようと思います。[/quote]
メールサーバーが変更になる際の、Thunderbird 側の移行作業についてですね。
ちなみに、本件自体にはあまり関係ないと思いますが、XServer というのはレンタルサーバーのエックスサーバーのことでしょうか。また、Xchange というのは法人向けメールサービス Exchange Online でしょうか、それとも Exchange Server というグループウェアのことでしょうか。

[quote="kazuya"]その際、メーラーで設定している受信メールのフォルダ分け(メッセージフィルタ)をそのまま引き継ぐことはできますでしょうか？[/quote]
メッセージフィルターのルール設定は、メッセージの保存先フォルダー（アカウント設定＞サーバー設定＞メッセージの保存先）にある msgFilterRules.dat というファイルに保存されています。
メールサーバーを変更する場合、メッセージフィルターの移動先のフォルダー指定が変わることになるので、ルールをコピーしてもそのままでは動作しません。
GUI上でフォルダー設定をすべてやり直すか、ルール（テキストデータです）をテキストエディターで開いて移動先指定を書き換える必要があるかと思います。

現在、会社で使用しているメールサーバはXServerなのですが、メール容量の問題でこの度MicrosoftのXchangeに移行しようと思います。
その際、メーラーで設定している受信メールのフォルダ分け(メッセージフィルタ)をそのまま引き継ぐことはできますでしょうか？
何か方法がございましたら、返信頂けますと幸いです。
どうぞよろしくお願い致します。