はい、Thunderbirdです。Version 78.4.3です。
情報不足で申し分けございませんでした。

おっしゃる通り、無視スレッドに設定されてました。
この機能自体、今回始めて知りました。
赤の☑マークではなく、赤の一方通行マークでした。
教えていただいたサイトを参考にすることで解決しました。
早速のご助言、本当に助かりました。感謝いたします。

お困りの状況で慌てているかと思いますが、一応 Thunderbird（ですよね？）のバージョンを書きましょう。


たぶん、無視スレッドに設定しちゃったのでしょう。

スレッド単位で無視する | Thunderbird ヘルプ

直近数日分のメールをまとめて既読に変えようとしたときに、前日から３か月ちょっと前までのメールが全て消えてしまいました。
どういう操作をしたのか自分でもわかりませんが、ツリー表示のようなもの（ツリーではなかったかもしれませんが）で各項目の先頭が赤色の☑印になっているような（←ここも記憶が曖昧です）見たことのない画面が出てきました。
メール消失の手がかりを探そうと、同じ画面を再現しようと思い、右クリックなどで探してみましたが上記画面は再現できません。
アーカイブやごみ箱の中を探しても見つかりません。PCを立ち上げ直しても、状況は変わりません。
何か、復旧の手立てはございますでしょうか？

サーバには残っている（gmailにログインすると残っている）ようなので致命的な状況ではないのですが、大変困っております。

何卒よろしくお願いいたします。