[quote="zero"]他のメールアカウントと同じようにパスワードが何度も聞かれないようにする解決策はないでしょうか？[/quote]
いきなり解決法を求められても無理です。
私も Outlook.com（以前に作成した hotmail.co.jp のメールアドレスですが）を使用していますが、zero さんのようなトラブルは発生してませんし、正確な状況の確認と問題の切り分けの作業が必要です。

[quote="zero"]複数のメールアカウント（他にGmailやYahooメール等）のメールを一括管理・設定していますが、Outlook.comのメールアカウントでのみメールアカウントの設定後も一定時間経過後（計っていないので間隔はわからないが、おおよそ半日おき）にポップアップメッセージが出てきてパスワードを聞かれます。[/quote]
Outlook.com のメールアカウントでのみ問題が生じていて、「おおよそ半日」という挙動なわけですから、Thunderbird の方ばかり見ていては解決しないように思います。

[quote="zero"]なお、以下に記載されている方法は実施済みですが再発しました。
https://stitchdiarystitch.blog.fc2.com/ ... ry-76.html[/quote]
おそらく「thunderbird パスワード 何度も」等とググったのかと思いますが、その記事は2016年で Thunderbird が38.5.0 とずいぶん古いですし、そもそもパスワードを保存するファイルの問題であれば特定アカウントのみという状況とそぐわないです。

これも2016年で古く状況も異なりますが、調べるうえでの取っ掛かりにはなるかと思いますので、当フォーラムの下記の過去トピックを読んでみてください。

[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=16379]hotmailだけが受信できない[/url]

メールの受信開始時に何らかの理由で一時的にサーバーが正常な応答をせず、パスワードの確認を促されているように思います。
パスワードを尋ねられたウインドウをキャンセルし、その後、受信操作をすると正常に受信できますか？

なお、実施されたというファイル削除ですが、その2つのファイルはThunderbird 68.xでは使われていないと思います。

Windows10Pro(1903)にて利用中のThunderbird(68.12.0)にてOutlook.comのメールを含む、

複数のメールアカウント（他にGmailやYahooメール等）のメールを一括管理・設定していますが、Outlook.comのメールアカウントでのみメールアカウントの設定後も一定時間経過後（計っていないので間隔はわからないが、おおよそ半日おき）にポップアップメッセージが出てきてパスワードを聞かれます。

パスワード入力後、また一定時間はパスワードを聞かれないようになります。

もちろん、ポップアップメッセージの「パスワードマネージャーにこのパスワードを保存する。」にチェックを入れていますし、実際にパスワードマネージャーにもパスワードが保存されています。

これがずっと発生しており、現状は都度パスワードを入れています。

現PC環境は冒頭の情報になりますが、事象は以前から発生しており、パスワードを再入力すればまた半日使えることからずっと我慢して使っている状態です。

他のメールアカウントと同じようにパスワードが何度も聞かれないようにする解決策はないでしょうか？

なお、以下に記載されている方法は実施済みですが再発しました。
https://stitchdiarystitch.blog.fc2.com/blog-entry-76.html