ほとんど マイクロソフト製品の話なので回答するか迷ったのですが、

[quote="Babbles55"]そこでProgram Files\WindowsAppsフォルダから各アプリケーションのショートカットをデスクトップ等に作って、
Thunderbirdからそのショートカットを指定してやるという方法でMS Officeへの紐付けができていました。[/quote]
WindowsAppsフォルダはユーザーからはアクセスできないように設定されていたはず。

[quote="Babbles55"]突然デスクトップに置いていたそのショートカットが全部消えてしまい、[/quote]
Thunderbirdとは全く関係ない話ですので、マイクロソフトのフォーラムやサポートに相談してください。

[quote="Babbles55"]MS Office2019はストアアプリなんでしょうか、パソコン買ってプレインストールされていたものです。
Thunderbirdでストアアプリとのファイルの関連付けを正当なやり方でする場合、どうすれば良いのでしょうか？[/quote]
Office 2019 は使ってないので詳しくは知りませんが、ストアアプリ版とデスクトップ版があるようです。
まず、Windows上で拡張子に対しての規定のアプリ設定を行ってください。
それで、Thunderbirdの「オプション＞オプション＞添付ファイル」にて、
ファイルの種類に対する動作設定を「TWINUI で開く」にしておけばいいのではないかと思います。
TWINUI は UWPアプリ（Windows 10ストアアプリ）を起動するインターフェースのことです。

メール添付されたオフィス系ファイルのアプリケーション関連付け。
Microsoft Office 2019を使っています。
普通にやるとThunderbirdの関連付けリストにはMS Office系は表示されません。
※アドオンの兼ね合いでThunderbirdはVer.60.9.1で止めています。

そこでProgram Files\WindowsAppsフォルダから各アプリケーションのショートカットをデスクトップ等に作って、
Thunderbirdからそのショートカットを指定してやるという方法でMS Officeへの紐付けができていました。
突然デスクトップに置いていたそのショートカットが全部消えてしまい、
Word/Excel/PowerPointのうちexcel.exeだけゴミ箱に残っており、
それを戻したところ受信メールの添付ファイルは問題なく紐付いている。
しかし、メール編集時に自分で添付したファイルをダブルクリックで開こうとするとExcelでは開くことができない状態になりました。

MS Office2019はストアアプリなんでしょうか、パソコン買ってプレインストールされていたものです。
Thunderbirdでストアアプリとのファイルの関連付けを正当なやり方でする場合、どうすれば良いのでしょうか？

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Windows10 64bit Pro 1909, Thunderbird 60.9.1