[quote="tmr"]実は原因が判明しまして、大変初歩的なことだったのですが、
他のPCで同じアカウントを使用しており、
そちらの設定が「受信後にサーバーからメールを消去する」となっておりました。[/quote]
問題が解決したのならよかったですね。
ただ、ビタミーナさんや私からの質問にお答えいただけていませんし、このトピックを見ている第三者にはいまいちはっきりしないままです。

整理しますと、こういうことでよろしいでしょうか？
[list]
[*]「受信トレイの古いメッセージだけが自動削除されてしまう」現象が発生していたThunderbirdでは、IMAPアカウントを設定している
[*]それとは別のPCでも同じメールアドレスをThunderbirdで受信しており、そちらはPOPアカウントで「受信後にサーバーからメールを消去する」設定になっていた
[*]そのため、POPアカウントのThunderbirdが受信すると、メールサーバーの受信トレイからメッセージを削除するので、IMAPアカウントのThunderbirdの受信トレイからも（同期により）削除される
[*]「迷惑メール」に振り分けたメッセージは、POPアカウントのThunderbirdがアクセスしないので削除されない[/list]

EarlgreyTeaさま、ビタミーナさま

返信が遅くなり、申し訳ありません。


実は原因が判明しまして、大変初歩的なことだったのですが、
他のPCで同じアカウントを使用しており、
そちらの設定が「受信後にサーバーからメールを消去する」となっておりました。

ビタミーナさまが書いてくださっていた「WEBメールでは消えていないか？」と
確認したところ発覚いたしました。

大変お騒がせいたしました、またとても助かりました。

ありがとうございました。

tmr さん
微妙にこちら（Windows版）と文言の差異がありますため、齟齬をなくすために確認させてください。

[quote="tmr"]Thunderbird 60.80.0[/quote]
現在の通常版の最新は 60.8.0 ですので、誤記ということでよろしいでしょうか。

[quote="tmr"]・すべてのメッセージをローカルに保存にチェックしてあります。[/quote]
IMAPアカウントの「アカウント設定＞同期とディスク領域＞ディスク領域」に
「すべてのメッセージをローカルに同期する」というオプションがありますが、こちらのことでよろしいでしょうか。

[quote="tmr"]・サーバー設定の「メッセージの自動削除しない」にチェックしてあります。[/quote]
IMAPアカウントの「アカウント設定＞同期とディスク領域＞ディスク領域」に
「メッセージを自動削除しない」というオプションがありますが、こちらのことでよろしいでしょうか。

[size=2]過去にも類似案件はいくつかありますが、いずれもIMAP起因のものじゃないかと推察していますが、[/size]
[size=2]そこでいくつかご質問します。[/size]


[size=2]1.目的はなんでしょうか、原因を知りたいのでしょうか？それとも削除されることが問題なのでしょうか？[/size]


[size=2]2-1.設定されているメールサーバーの種類はIMAPでしょうか？（あるいはPOP）[/size]


[size=2]2-2.もしIMAPであり、削除されることが問題であれば、POPに変更するというのはいかがでしょうか？[/size]


[size=2]2-3.もしIMAPであれば、Thunderbirdではなく直接ブラウザ（IE等）でWebメールを確認すると、その内容の整合性は取れていますか？[/size][size=2]（Webメール内では削除されていないが、Thunderbird内では削除されているということは起きていませんか？）[/size]

[highlight=#efefef][color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif]使用しているThunderbird：[/font][/color][/highlight]
[font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]Thunderbird 60.80.0

使用している拡張機能・テーマ：[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]なし

使用しているOS,環境：
macOS Mojave[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]10.14.4[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]メモリ16GB, HDD空き500GB以上

ネットワーク環境：
光回線

---- 質問内容 ----
起きている現象：
・受信トレイの古いメッセージだけが自動削除される。

現象が起きる前にやったこと：[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]・すべてのメッセージをローカルに保存にチェックしてあります。[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]・サーバー設定の「メッセージの自動削除しない」にチェックしてあります。[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]・フォルダの最適化は行なっていません。[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]・該当アカウントの迷惑メールは古いものから残ったまま[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]どのようなことが原因でしょうか？[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]調べてもわからなかったため、教えていただけると助かります。[/highlight][/color][/font][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][color=#323d4f][highlight=#efefef]よろしくお願いします。[/highlight][/color][/font]