[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

遅ればせですが、横から失礼します。
お求めの情報に当たるかどうかは分かりませんが、トピックタイトルの観点とは別に、Thunderbird の標準的な動作の観点から書いてみます。

[quote="令和太郎"]現象としては、profile.iniが新しくできてしまい、profiles(1).iniのような形で本来のiniファイルがリネームされてしまっております。[/quote]
ご存知かと思いますが、profiles.ini には、既存のプロファイル情報が登録されています。
Thunderbird が起動するとき、既定の場所に置かれた profiles.ini を読みに行きます。そして Thunderbird は、

（a）profiles.ini に記述されたプロファイル情報が１つしかない場合、それを読み込んで起動します。
（b）複数のプロファイルがあり、その中の１つが [今後このプロファイルを使用する] (Default=1 + StartWithLastProfile=1) になっている場合、そのプロファイルを自動選択して起動します。
（c）複数のプロファイルがあり、どれも [今後このプロファイルを使用する] になっていないときは、[Thunderbird - ユーザープロファイルの選択] のダイアログが開き、どのプロファイルで起動するかユーザーに選択を求めます。
（d）Thunderbird の起動用ショートカットにコマンドラインオプション（-P "プロファイル名"）で特定のプロファイルが指定されている場合は、明示的にそのプロファイルを選択して起動します。

いずれの場合も、既存の profiles.ini が正常に読み込めることで起動プロセスが正しく進みます。
しかし、profiles.ini を適切に読み込めないときは、既存の profiles.ini が仰るようにリネームされ、初期状態の新しい profiles.ini が自動的に生成されることがあると思います。つまり、プロファイルが１つも設定されていない初期状態に戻ってしまうという結果になります。

[quote="令和太郎"]また、プロファイルの中のprefs.jsも同じようにリネームされてしまう場合も稀に発生しております。[/quote]
これもご承知のように、prefs.js は各プロファイルごとに存在し、アカウント設定をはじめ Thunderbird の中枢機能の設定内容を保持したファイルです。
これがリネームされるのは、profiles.ini からたどって特定のプロファイルの読み込みまでは進んだが、そのプロファイルの prefs.js が正しく読み込めなかったときです。Thunderbird が prefs.js の内容を認識できないときは、それが Invalidprefs.js として保存され、新規に prefs.js が生成されます。
その結果として、アカウントが１つも設定されていない初期状態になります。
（この場合、prefs.js に保存されたアカウント情報がまっさらになるだけで、プロファイル内に併存する送受信済みのメールデータやアドレス帳データなどに影響が及ぶことは普通は考え難いです。ただし、運用条件や実際に起こっている問題によっては、何らかの影響が出る可能性も否定しきれません。）

[quote="令和太郎"]wsusを使用している環境で、例えばWin10 1709から1803にアップデートを配信・適用した場合、[/quote]
EarlgreyTea さんからの「推測での助言」に沿っていえば、この条件の中で Thunderbird が（再）起動しようとするとき、profiles.ini や prefs.js が正常に読み込めない状態が作られている可能性がまず疑われると思います。

その具体的な経緯を調べることで対処方法も見えてくるのではないかと思いますが、状況的に Thunderbird 側に主原因があるというよりは、Windows 側の動作のほうが影響力が大きいように見えるので、まず Windows 側の挙動をきちんと把握しておくほうがいいのではないかと思います。その意味で、
[quote="EarlgreyTea"]Windows のアップデートによって起こっている現象と明らかなのでしたら、Microsoft へ問い合わせするべき問題かと思います。[/quote]
とのご意見には、ぼくも同感です。
例えば、Windows OS のアップデートの過程で特定条件下のファイルがすべてロックされるとか、アプリケーションからのアクセス権が一時的に制約されるといった事情があるかどうか、またそのタイミングなどの諸条件の組み合わせを絞り込めれば、Thunderbird が profiles.ini や prefs.js を正しく扱えない状態の本当のところが明らかにできるかもしれない、ということです。

とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

[quote="令和太郎"]この現象が起こる原因、起きる環境と起きない環境の違いなどが不明の為、なにか情報がございましたらご教示ください。[/quote]
情報は持ち合わせておりませんが、推測での助言なら。

Windows のアップデートによって起こっている現象と明らかなのでしたら、Microsoft へ問い合わせするべき問題かと思います。
そして、推測するに、Thunderbirdをスタートアップで自動起動して常に実行中なのではないでしょうか。
Windows アップデートの際にはそれを解除し、Thunderbirdを起動していない状態にしておいてはいかがでしょう。

wsusを使用している環境で、例えばWin10 1709から1803にアップデートを配信・適用した場合、かなりの確率でthunderbirdの挙動がおかしくなる現象が発生しております。

現象としては、profile.iniが新しくできてしまい、profiles(1).iniのような形で本来のiniファイルがリネームされてしまっております。
また、プロファイルの中のprefs.jsも同じようにリネームされてしまう場合も稀に発生しております。
リネームされてしまったiniファイルやprefs.jsを元に戻せばthunderbirdが正常に環境を読み込めるようになるのですが、事前に何か対策が対応を検討したいと考えております。

この現象が起こる原因、起きる環境と起きない環境の違いなどが不明の為、なにか情報がございましたらご教示ください。

どうぞよろしくお願いいたします。