横から失礼します。
KenKenT さんが書きました:
使用しているPOP3サーバーのユーザー名をパスワードマネージャーで確認をすると，
なぜかThunderbirdのアカウントの設定のところで入力したものと異なるユーザー名が表示されています。
パスワードは入力したものが正しく保存されています。
釈迦に説法だったらお詫びしますが、今後本トピックを閲覧する人たちを含め、より正確な共通認識を得る意味で、確認させてください。
maji さんからも問いかけがありますが、「ユーザー名」と仰っているのは、メールサーバーに対する設定値としてプロバイダーから指示されている「ユーザー名」のことですよね。
（一例）
・会員サポート > 設定値一覧 : @nifty
support.nifty.com/support/manual/mail/setvalue.htm
・メールの設定値を知りたい | 会員サポート | So-net
support.so-net.ne.jp/supportsitedetailpage?id=000011999
（注）
プロバイダーによっては、「ユーザー名」ではなく「ユーザー ID」とか「ユーザーアカウント名」とか、呼び方が異なることがありますが、そのプロバイダーのメールサービスを利用する上で、パスワードとセットで扱われるものを総称して「ユーザー名」と呼びます。（「ユーザー名」＝「メールアドレス」となっているプロバイダーもあるようです。）
（模式図 - 大筋で次のようになぞらえることができるでしょう）
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃ ●プロバイダーのメールサーバー
┃ ┌─────────┐
┃ │ ユーザー Ａの ■ ← この錠が「ユーザー名」に相当。
┃ │ メールボックス │ それに対応する鍵が「パスワード」。
┃ └─────────┘ 原則として錠と鍵は１対１の対応関係。
┃ ┌─────────┐ 両者の照合がメールサーバーに確認され
┃ │ ユーザー Ｂの ■ ることでログインする（メールボックス
┃ │ メールボックス │ に入る）ことができる。
┃ └─────────┘
┃ ：
┃ ：
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
（本題）
KenKenT さんが書きました:
他にも同様の症状が出ているからはいらっしゃいますか？
当方、Windows 7 上で Thunderbird 60.x と 52.x を使っていて、常用以外にもテスト用など複数のプロファイルを使っています。
メールアカウントも複数あり、プロファイルごとに最初から設定し直したもの、かなり以前のプロファイルから継承して使っているものがあります。
このトピックを拝見して、あらためていくつかのプロファイルのパスワード保存状況を確認したところ、KenKenT さんが仰っているような現象に当てはまるものが２つほど見つかりました（60.x だけでなく、52.x 専用のプロファイルでも）。
厳密な調査をおこなったわけではありませんが、ざっと見た感じでは、
（1）以前から継承して使ってきたプロファイル
（2）メールサーバー側で仕様変更などがあって途中で「ユーザー名」や「サーバー名」等を変更したことがあるアカウント
この２つの条件にあてはまるアカウントで、パスワードマネージャーを見たとき実際の「ユーザー名」とは異なる内容が表示されているものがありました。
当方のケースにおける "実際の「ユーザー名」とは異なる内容" としては、（2）で変更する前の名前が入っていました。
ただし、そのようなプロファイル／アカウントでも、メールの送受信は正常にできています。これも、KenKenT さんが仰っているとおりです。
逆にいえば、新しいバージョンの Thunderbird で、新しいプロファイルを作り、一からアカウント設定をおこなったプロファイルでは、パスワードマネージャーにとくに不都合な表示は見当たりませんでしたし、継承してきたプロファイルであっても（2）の条件に該当しないアカウントでは、ご質問のようなものは見当たりませんでした。
ただ、当方は新しくアカウントを設定するとき必ず手動で設定しているので、自動設定をおこなったときどうなるかは知りません。
自動設定は、Mozilla が持つプロバイダー情報のデータベースにアクセスし、そこからたどって設定対象のメールサーバーにアクセスしてアカウント設定を完了させます。設定操作はとても簡単ですが、ユーザーが自覚的に設定の経過を把握できないので、ぼく個人は使っていません。
あくまで憶測ですが、自動設定では、パスワードマネージャーの「ユーザー名」にはいわば "表示名" のようなものが表示されるが、本当の「ユーザー名」は別に正しく保存されている、といったことが発生するケースがあるのかもしれません。
（補足）
以前に本件とは別の事案で知ったことですが、参考になるかもしれないので......。
[設定エディター] (about:config) を見ると、アカウント設定に関する項目の中で、ユーザー名に関するものは、mail.server.server*.userName があります。しかしそれとは別に、アカウントによっては mail.server.server*.realuserName の項目を持つものがあります。
同様に、総てのアカウントに mail.server.server*.hostname の項目がありますが、アカウントによっては mail.server.server*.realhostname を持つものがあります。
ぼくが経験した範囲でのことですが、メールサーバー側に変更があって既存アカウントに変更を加えたものに、real 付きの項目があるように見受けられます。
もしかしたら、パスワードマネージャーの「ユーザー名」に関しても、これと類似の仕組みで、表向きの表示名称と実際のデータが区別して保管されているケースがあるのかもしれません。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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