[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

横から失礼します。
投稿時に使われたブラウザのユーザーエージェントからは、Mac 環境だと推測します。

[quote="Hakase2018"]普通のフォルダなら、そのメールが開かれるわけですが、[/quote]
[迷惑メール] フォルダーだからといって変わった挙動になるわけではありません。[迷惑メール] フォルダー内のメールが選択された状態で単純にリターン（エンター）キーが押されれば、それらのメールは新しいタブに開かれるはずです。

[quote="Hakase2018"]迷惑メールフォルダの中身を確認中、1歳の娘がよたよたと近寄ってきて、それに気を取られている隙にリターンキーを押されてしまい、フォルダ内にあった迷惑メールがすべて消えてしまいました。[/quote]
ご承知のように、テキスト入力の中で使用されるリターン（エンター）キーの役割は「改行」ですが、何かのアイテムやメニューなどを選択した状態からのナビゲーションの文脈で使用されるときは「実行」の意味を持ちます。
リターン（エンター）キー押下で、フォルダ内のメッセージ群が消える結果になったということは、事前に何かしらのメニューが選択された状態になっており、そこに「リターンキーを押されてしまい」によってその内容が実行された、と考えることになろうかと思います。

あるいは、EarlgreyTea さんからご指摘があるように、[迷惑メール] フォルダー内の迷惑メールが全選択された状態のとき、リターン（エンター）キーが押される前に [Delete] キーが押されていたとか......。
Mac の機種にもよるのでしょうが、リターン（エンター）キーの直上に [Delete] キーがあるようなキーボード配列を何度か見たことがありますから、可能性はあるのではないでしょうか。

[quote="Hakase2018"]消えてしまったので逆に気味悪く思っております。請求書添付の悪質な迷惑メールも入っていたので、これらのメールがどうなったのかおわかりの方、お教えいただけると助かります。[/quote]
現場の状況を知りようがない他者に、「これらのメールがどうなったのか」を正確に答えることは無理ですが、存在した迷惑メールの送信元に返信が送られているといった類の心配はしなくてもいいと思います。
[迷惑メール] フォルダーに限らず、フォルダー内に保存されているメッセージに対し、リターン（エンター）キー押下だけで返信や転送などの処理が自動的におこなわれることは、普通はありません。
ただし、ユーザーが導入しているアドオン（拡張機能）とその設定内容よっては、普通では起こりえないことが起こる可能性もゼロではありません。

[b]【フォルダーの状態を確認する方法】[/b]
任意のフォルダーを選択した状態から右クリック（または右クリック相当の操作）で開くコンテキストメニューの [情報を見る] で、[フォルダの情報] ダイアログを開くことができます。(Windows 版では、[プロパティ] および [フォルダーのプロパティ] ダイアログ)

[迷惑メール] フォルダーに対し、[フォルダの情報] ダイアログの [一般情報] パネルにある [メッセージ数] 、[ディスク上のサイズ] を調べてみてください。
[迷惑メール] フォルダー内にあった迷惑メールがすべて消えていて、画面上に表示されていないなら、[メッセージ数] はゼロのはずです。
一方、[ディスク上のサイズ] が直前に存在した水準の容量を示していたら、フラグ付きのデータが残っていることになり、元のデータは [ゴミ箱] または別のフォルダーに移動された可能性が高いと考えられます。

Thunderbird 標準のメッセージ格納形式である mbox 形式では、あるフォルダーでメッセージの削除または移動を実行したとき、そのメッセージデータには削除または移動のフラグが付与され、フォルダー内には表示されなくなりますが、データ自体は非表示のまま保持されています。したがって、[メッセージ数] はゼロでも、[ディスク上のサイズ] が有意な数値を示していることがあります。
（補足）
削除・移動フラグの付いた非表示のデータを完全に消し去るのが、フォルダーの [最適化] です。
[ディスク上のサイズ] がゼロになっていたら、同フォルダー内のすべてのデータは完全に抹消されています。

とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

[b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]EarlgreyTea[/-WEBKIT-CENTER][/font][/b][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]様、[/-WEBKIT-CENTER][/font]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]ご回答、誠にありがとうございます。[/-WEBKIT-CENTER][/font]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]その可能性は考えたのですが、ザッと見渡した所ゴミ箱には見当たりませんでした。[/-WEBKIT-CENTER][/font]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]不可解極まりな[/-WEBKIT-CENTER][/font][-WEBKIT-CENTER][font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif]い現象で困った次第です。[/font][/-WEBKIT-CENTER]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]とりあえず、全領域ウィルスチェックをして（感染していたら意味がないでしょうが）、様子を見ています。[/-WEBKIT-CENTER][/font]
[font=Lucida Grande, Verdana, Helvetica, Arial, sans-serif][-WEBKIT-CENTER]ありがとうございました。[/-WEBKIT-CENTER][/font]

状況を見ていたわけではないので推測するしかありませんが、娘さんはEnterキーではなくてDeleteキーを押したということはないでしょうか？
そうだとすれば、特に設定をいじっていなければメールは「ごみ箱」フォルダーに移動してるはずです。
アカウント種類がPOP/IMAPのどちらか、IMAPなら使用しているメールサービス（メールサーバー）によっても細かな状況は変わってきます。
たとえばGmailをIMAPで使ってる場合は、「ごみ箱」ではなく「ゴミ箱」になります。

私の不注意なんですが、迷惑メールフォルダの中身を確認中、1歳の娘がよたよたと近寄ってきて、それに気を取られている隙にリターンキーを押されてしまい、フォルダ内にあった迷惑メールがすべて消えてしまいました。普通のフォルダなら、そのメールが開かれるわけですが、消えてしまったので逆に気味悪く思っております。請求書添付の悪質な迷惑メールも入っていたので、これらのメールがどうなったのかおわかりの方、お教えいただけると助かります。