はい、そのようです。
Message-IDは毎回かわってしまっています。
ただ拡張機能はすべて無効にしてもすべて削除しても同じ現象でした。

[quote="AJK"]ctrl+uとかはしていないです。[/quote]
そうではなくて、メッセージペイン（メール一覧画面）でメールを選択してCtrl+Uするとメールのソースを見ることができます。
そうしてメールヘッダーにある Message-ID: を調べたら、保存のたびに変化しているのではないですか？とお尋ねしています。
再編集した下書きを保存する際に Message-ID を変化させる何者か（拡張機能など）がいたら、別のメールとして保存されるんじゃないかと、そういうことです。

ctrl+uとかはしていないです。
他に使っている方もそのようにはならないということでした。
私だけの現象のようです。。

[quote=" AJK"]保存するたびに新しい下書きメールが作成されてしまいます。[/quote]
私の環境では、下書きを再編集して保存（Ctrl+S）すると上書きされて置き換わります。

Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; WOW64; rv:60.0) Gecko/20100101 Thunderbird/60.3.0
POPアカウント、メッセージ格納形式：フォルダー単位（mbox形式）にて確認しました。

Ctrl+Uでソース表示して、Message-ID: が保存のたびに変化してたりしますか？

バージョンが60.3.0になった後
下書きをctrl+s、またはファイル→保存で保存すると
保存するたびに新しい下書きメールが作成されてしまいます。
アドオンについてはすべて無効にしても同じ症状でした。
原因わかりますでしょうか。