PCメールソフトでの自動応答は離席時対応レベルを想定したもので
本格的なことをするならサーバーに仕込むのが筋だろうと思います。

[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

遅ればせですが、横から失礼します。

RFC3834 "Recommendations for Automatic Responses to Electronic Mail"（電子メールの自動応答に関する勧告）の中に、件名に含まれる接頭辞 Auto: についての記述があり、SHOULD（推奨）として定義されているようです。MUST（必須）ではないが、MAY（任意）よりは強い位置づけですね。
（参考）
www.rfc-editor.org/rfc/rfc3834.txt

Thunderbird は、おそらくこの勧告を尊重して、テンプレートを使った自動返信に Auto: の接頭辞を入れていると思われます。

[quote="なしし"]どこかのファイルを書き換えればAuto:が消えればいいのにと思うのですが、
難しければThunderbirdを使うのは諦めるしかなさそうですね…。[/quote]
すでにアドバイスがあるように、簡単に書き換えられるところにはなさそうです。
自動応答の機能は必要だけど、どうしても接頭辞 Auto: は付けたくない、ということであれば、Thunderbird 以外のメールクライアントを検討したほうがいいと思います。

とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。


（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。

お返事ありがとうございます。
回答を参考にバージョン38をダウンロードしてgmailで使おうとしたのですが、
別ウィンドウの認証画面から先に進めず（クリックしても反応しない）
旧バージョンでgmailを使うのは無理なのかなと思いました。

どこかのファイルを書き換えればAuto:が消えればいいのにと思うのですが、
難しければThunderbirdを使うのは諦めるしかなさそうですね…。

メッセージフィルターの「テンプレートを使用して返信する」動作のことなら、
返信メールの件名の頭に「Auto: 」、末尾に「 (was: [i]返信元の件名[/i])」が追加されるのは仕様です。
「Auto: 」に関しては、Thunderbird 38時点ではありませんでしたが、45から追加されたようです。
カスタマイズする要素は提供されていないかと思います。

自動返信を設定したのですが、
返信の時に件名に「Auto:」が付いてしまいます。
取って返信したいのですが、可能でしょうか？
どうすればよいでしょうか。

どうぞよろしくお願いいたします。