横からすみません。
同病の報告をしておきます。

こちらでも7/31のCcleaner544実行後に、Thunderbird52.9.1のアカウントがまっさらになりました。
Ccleanerの設定で「アプリ-Thunderbird-作業場所」のチェックが既定でONだったのは記憶にあります。
同時にFirefoxのフォント情報も初期化されていました。

壊れ方を確認した結果は以下です。
・Profiles.ini　書き換えの形跡無。Defaultを指している。
・Invalidprefs.js　存在。なぜかShift-JISになっていた。UTF-8(BOM無)に変更してもprefs.jsとして機能せず。
・login情報　Passwordも保存されており、Optionから参照可能～これで非常に助かりました。
・メールデータ　POP,IMAPともに損傷なしの模様（現在まで欠損は見当たらず）

結論として、
・起動時の読み込みでアカウントが認識されない
・メールデータ、アドレス、Localデータは丸ごと残っている

対処は、
・新しいプロファイルを作成
・残っていたlogin情報でアカウントを再構築
・以前のメールデータ(POP,IMAP)の中身を、対応する各フォルダに上書き
・abook.mabとHistory.mabを上書き

として、何とかほぼ元に戻りました。
Prefs.jsに精通していれば、直接書き換えで直せるかもしれませんが私には無理です。

過去スレの皆様の情報に感謝いたします。

以上、ご参考まで。

[quote="ひよっこ"]初心者ゆえ、細かなテキストでの書き換えなどちょっとできそうもありません・・。[/quote]ということでしたので、ひよっこ さんの状況に即した助言をしようと思ったのですが、返答がないですね。
需要があるようなので、一般的な復旧策について紹介することにします。
とは言っても参考事例のトピックがすでにありまして、CCleaner で検索するだけで簡単に見つかります。

参考トピック：
[list]
[*][url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=16672]ThunderbirdのEメールアカウント設定が解除されてしまいました[/url][/list]
あと、こちらのフォーラムで2011年から活躍されている meeyar さんがブログに書かれた
トラブルシューティング記事が大変参考になるのでそれを紹介しておきます。

参考ブログ記事：
[list]
[*][url=http://torikagotonari.hatenablog.com/entry/2017/08/16/235911]プロファイル異常時の確認＆復旧手順：包括版 - とりかごとなり。[/url][/list]

横から申し訳ありません。こちらのフォーラムは初めてとなります。
私もひよっこさんと同じくCCleanerでメール本分が消えてしまった物です。
こちらのトピを参考にさせていただきプロファイルのコピーまで終わらせました。
対応の続きを知りたいのですが、私もこちらのトピでご助言いただいてもかまわないでしょうか?
それとも別のトピを立てた方が良いんでしょうか?
もし可能でしたら作業環境など書き込ませていただきます。

[quote="ひよっこ"]Thunderbird メールソフトを使っています。CCleanerをしてしまい、画面が初期化されてしまいました。[/quote]CCleanerによる他アプリのデータ破壊トラブルがいまだに起きていることが残念です。
これを教訓に、いきすぎたユーティリティソフトのリスクを認識し、CCleaner はアンインストールして二度と使わないことを強くお勧めします。

[quote="ひよっこ"]初心者ゆえ、細かなテキストでの書き換えなどちょっとできそうもありません・・。[/quote]了解しました。
では、エクスプローラによるファイルとフォルダのコピー操作程度でできる方法にしましょう。
[size=1][i]（それも無理そうだとさすがにお手上げです）[/i][/size]

[quote="ひよっこ"]いろんなサイトをみましたが、バックアップがないため、メールアカウントの設定をしなおしましたが、これまでのメールやフォルダーわけをしていたものがすべてなくなってしまいました。[/quote]保存されたメールデータはおそらく大丈夫なはずですが、実際に確認しないと断言はできません。
まずは、これ以上状況が悪化しないように、現時点の「プロファイル」のバックアップを取りましょう。

Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data

上記サポート記事を参考にして「プロファイル」フォルダをコピーして、適切なバックアップ先で貼り付けしてください。

さて、具体的なアドバイスをするには、ひよっこ さんのメール環境について教えて頂く必要があります。
[list]
[*]Thunderbird のバージョンはどちらをお使いでしょうか？
[*]OS は Windows 7 で合っていますか？
[*]Thunderbird に設定していたメールアカウントは POP/IMAP どちらの方式でしょうか？　また、差し支えなければどちらのメールサービスをお使いなのかも教えてください。[/list]

実際の復旧手順に関しては、プロファイルのバックアップが完了し、ひよっこ さんからのご返答を待ってから説明したいと思います。

[color=#111111][font=ヒラギノ角ゴ Pro W3, Hiragino Kaku Gothic Pro, メイリオ, Meiryo, ＭＳ Ｐゴシック, MS PGothic, MS UI Gothic, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4]Thunderbird メールソフトを使っています。CCleanerをしてしまい、画面が初期化されてしまいました。[/size][/font][/color]
[color=#111111][font=ヒラギノ角ゴ Pro W3, Hiragino Kaku Gothic Pro, メイリオ, Meiryo, ＭＳ Ｐゴシック, MS PGothic, MS UI Gothic, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4]いろんなサイトをみましたが、バックアップがないため、メールアカウントの設定をしなおしましたが、これまでのメールやフォルダーわけをしていたものがすべてなくなってしまいました。

いろんな方のサイトをみると設定がかわってしまっただけだからメールは残っているなどという書き込みが多いのですが、フォルダーわけしたものなどはどこにいったのでしょうか？[/size][/font][/color]
[color=#111111][font=ヒラギノ角ゴ Pro W3, Hiragino Kaku Gothic Pro, メイリオ, Meiryo, ＭＳ Ｐゴシック, MS PGothic, MS UI Gothic, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4]初心者ゆえ、細かなテキストでの書き換えなどちょっとできそうもありません・・。[/size][/font][/color]
[color=#111111][font=ヒラギノ角ゴ Pro W3, Hiragino Kaku Gothic Pro, メイリオ, Meiryo, ＭＳ Ｐゴシック, MS PGothic, MS UI Gothic, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4]どなたかお助けください。[/size][/font][/color]
[color=#111111][font=ヒラギノ角ゴ Pro W3, Hiragino Kaku Gothic Pro, メイリオ, Meiryo, ＭＳ Ｐゴシック, MS PGothic, MS UI Gothic, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][list]
[*][/list][/size][/font][/color]