使用状況を書いて頂きありがとうございます。
プロファイルの共用は、WindowsとMacから同時に(リアルタイムで)起動、接続しているのでしょうか?

Thunderbirdのプロファイルは元々が同時接続をサポートした作りになっていません。
また、POPのプロトコル自体も複数箇所からの同時受信操作はきちんとサポートされてなかったように思います。

ですので、もしそうならどんな不具合が出てもおかしくない気がします。
また、もし2ケ所以上から同時に接続し、プロファイル内の各ファイルへアクセスしているなら、正常に書き込み、更新されずに双方の環境で見えているものが異なっていたり、Thunderbird上で同名のフォルダが複数できていたりといった、通常とは異なる状況は十分起こり得ます。

個人的には、このような使い方はトラブルを招きやすいためオススメしません。
どうしても同じプロファイルを使いまわしたいなら、片側交互起動にするのが比較的安全と思いますが、今回の場合はOSが異なるので使用状況によっては完全一致にはならないかもしれません。

これでも変わらないなら、それぞれの受信環境(ネットワークやセキュリティソフトの違いなど)が関係している可能性もあります。

根本的には、きちんとそれぞれの環境でプロファイル作って、両方で受信を済ませるまでサーバにメールを残す設定にする方が安定運用を望めると思います。

ご回答頂き、ありがとうございます！！
プロファイルを共有している状況です。
また設定を確認したところwindows,mac共にPOPを使用しているようでした。

宜しくお願い致します。

まずはOSの種類やThunderbirdのバージョンなどをお書きください。

「Thunderbirdを」同時に使用するという環境がちょっとよくわからないのですが。
具体的な使用環境をお知らせください。

1. WindowsとMacとでThunderbirdのプロファイルを共用している
2. プロファイルは別々だが、WindowsとMacの両方から同一のメールアドレスに対してIMAPで接続している
3. プロファイルは別々で、片方はPOP、もう片方はIMAPで接続している
4. プロファイルは別々で、両方POPである
5. そのほか

これらのいずれかによって、考えられる原因と対応策が異なってきます。

thunderbirdをwindowsのPCとmacのPCとで同時に使用しています。

送ったメールがある特定の人のみ返信してもメールが受信されません。
ただ、macの方にはメッセージの方に返信がきています。
windowsの方はどこにいってしまったのかもわからない状況です。

全てのメールがthunderbirdで受信できるような解決策はありますでしょうか？