すみません。
よく見たら送信メールが受信メールのフィルタによって各フォルダに振り分けられていただけでした。
原因は送信済みトレイにフィルタを適用してしまったからだと思います。
なので、解決しました。失礼いたしました。

サンダーバードの送信済みトレイの中の送信メールが全て消えてしまいます。
消える手順として、
1.送信済みトレイにフォルダを作成し、指定した宛先の送信メールがそこに振り分けられるようにしました。
2.送信済みトレイを選択してフォルダにフィルタを適用すると、指定した送信メールはそのフォルダに振り分けられます。（ただ、現在は振り分けもされず消失するだけです）
3.振り分けられた送信済みメール以外は全て消失します。

テスト的に何度も送信しましたが、2.の手順を踏むと問答無用で消失します。現在の送信済みトレイはゼロです。。
送信済みトレイを右クリックしてプロパティの一般情報のディスク上のサイズは0KBです。

サンダーバードバージョン：52.5.0 (32 ビット)
OS：windows7　64ビット

事例を検索しましたが、同様の事象が確認できなかったので、復旧方法をお教えください。