El CapitanのThunderbird 52.5.0で同じ症状でしたが、ここの情報を見て解決しました。
環境設定→詳細→一般→設定エディタ　を開き、「fit」で検索。
print.print_shrink_to_fit　を選択し、値を true から false に変更。
これでデフォルトから外れます。

遅ればせながら、macOS Sierra 10.12.6／Thunderbird 52.4.0です。
Ryoさんの投稿が的を射ているなぁ、という感想です。
印刷時の設定を保存するような挙動を行ったとしても、次回には結局またチェックがついてしまっています。
つまり、チェックを外した上で「現在の設定をプリセットとして保存」として新規プリセットを保存、
次回プリント時にその保存したプリセットを開いたところで、このチェックだけは元通りです（他は反映されます）。

一番最初に書きましたが、以前はこんなことはなく、最近急にこうなりました。
最近というのはおそらく１〜２カ月くらい前だと思います。
[font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]Sierraが10.12.6にアップデートされたのが７月中旬のようですので、そのころと言われればそのころかも。[/font]
[font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]現在、[/font][font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]Sierraの次のHigh[/font][font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]Sierraが出ていますのでアップデートすると場合によっては変わるかもしれません。[/font]

[font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]こうなってくると聞きたいのは改善方法というより、この症状が普通なのかどうかということです。[/font]
[font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]普通であればあきらめるしかありませんし、異常であればクリーンインストールなども検討になります。[/font]
[font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]macで[/font][font=Verdana, Arial, sans-serif, Tahoma]Thunderbird使いはあまり多くはないと思いますが、回答がつくと嬉しいです。[/font]

自分の以下の環境でも同様の症状が発生します｡

macOS 10.12.6 Sierra / Thunderbird 52.4.0 (ja-JP-mac)

自分は気にしていなかったのですが､改めて確認したら同じ挙動でした｡
ちなみに､ macOS 10.12.6 Sierra / Firefox 56.0.2 (ja-JP-mac)でも動作でした｡
Thunderbird/Firefox共､素の状態では有りませんが(^_^;)｡

『Ignore scaling and shrink page to fit width』や 『print fit ignore』あたりで､ http://forums.mozillazine.org/で検索しても過去のversionなら､そこそこ問題の報告(相談)が有るようなのでですが､どうなったのか追跡できませんでした｡
素人ながら https://bugzilla.mozilla.org/ でも検索してみたのですがよく判りませんでした｡

一方､Firefoxだと当フォーラムのFirefoxで､『[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=2&t=16544&p=59422]印刷時の設定保存[/url]』との関連と思しき情報を見つけました｡

結局､よく判りませんでした(^_^;)

※まずOS環境やThunderbirdのバージョンなどの基本情報をお書きください。
特に今回のようにOS依存の機能が介在する場合は。

横から失礼します。[quote="ari"]ですが、残念ながら「印刷プレビュー画面」というのがありません。
※印刷のプレビューをする場合はMacの場合は「プレビュー」という名前の別のアプリケーションが介在します。[/quote]
Macのプレビュー.app経由で印刷をしているのであれば、それはプレビュー.app側の設定なのではないでしょうか。
印刷設定でプリセットを作るのもThunderbirdの機能ではないですし…

ググったらプリセットの初期値を変更する記事がありました。
但し自己責任で。
https://qiita.com/hori@github/items/6230160fc51893e58fc7

[left][font=Arial]opanchi_1963さん[/font][/left][left][font=Arial][/font][/left][left][font=Arial]いろいろとありがとうございます。[/font][/left][left][font=Arial]ですが、残念ながら「印刷プレビュー画面」というのがありません。[/font][/left][left][font=Arial]※印刷のプレビューをする場合はMacの場合は「プレビュー」という名前の別のアプリケーションが介在します。[/font][/left][left][font=Arial]拡大縮小についてはopanchi_1963さんの添付とは違ってプルダウンではなく直接数字を入力する形式です。[/font][/left][left][font=Arial]これまではここに70％という数値をいれてあって、小さくプリントできていました。[/font][/left][left][font=Arial]ところがいつのことからか「拡大率を無視して…」のチェックがデフォルトとなり、[/font][/left][left][font=Arial]再起動しようが新たにプリセットを作ろうが（チェックを外した状態や、拡大縮小を100％とした状態でプリセットを作成）、[/font][/left][left][font=Arial]次にプリントする際には必ずチェックが入ってしまうようになりました。[/font][/left][left][font=Arial]ただチェックを外すだけのことなので、自分で気にすればいいのですが、[/font][/left][left][font=Arial]自分で管理できないというのはどうにも気持ちの悪いものです。[/font][/left][left][font=Arial]改めて自分でもいろいろ探ってみます。[/font][/left][left][font=Arial]ありがとうございました。[/font][/left]

[quote="[b]ari[/b]"]いつごろからか「拡大率を無視してページ幅に合わせてプリント」がデフォルトとなっていて、毎回チェックを外さなければならないのが大変です。[/quote]

ariさん、こんにちわ。数日経過してしまいましたが、「拡大率を無視してページ幅に合わせてプリント」という項目を探してみました。

自分が使っているWindows8.1＆Thunderbird52.4.0上で印刷関係のプロパティを探しても、そのような項目は見つけられませんでした。
それでOSで違うのかな？と思い、Linux版のほうで再び探してみたらそれらしき項目が見つかったのですが下記の画像と同じ事でいいのでしょうかね。
[attachment=1]print.png[/attachment]
それで色々試して、どうやら印刷プレビュー画面の「用紙に合わせて縮小」と連動してるようです。
[attachment=0]print_preview.png[/attachment]
要するに「用紙に合わせて縮小」以外を選択すれば、「拡大率を無視してページ幅に合わせてプリント」のチェックマークは外れます。
例えば100％を選択して一旦プレビューを閉じる。更にThunderbirdも終了させて、再度起動させて再び印刷プレビューを開くと前の設定（100％）のままになってます。
この状態で確認すると「拡大率を無視してページ幅に合わせてプリント」のチェックマークは外れた状態になってます。

以上ですが、見当違いのこと書いてたら、ごめんなさい。

受信メールを印刷するときなどに、
いつごろからか「拡大率を無視してページ幅に合わせてプリント」がデフォルトとなっていて、
毎回チェックを外さなければならないのが大変です。
チェックを外したものをデフォルトとすることはできないのでしょうか。