当方もずっと「タグの色はメールにタグ付けた順」と思っていたのですが、そうではなくて実際には「タグの定義順」に色が決まるようです。例えば初期状態（下図）だと[color=#ff0000]重要[/color]＞[color=#ff9900]仕事[/color]＞[color=#339966]プライベート[/color]＞[color=#0000ff]ToDo[/color]>[color=#800080]後で[/color]、の優先順位で色が決定します。[attachment=1]tag.png[/attachment]
（タグの一覧は上図のようにメールのコンテキストメニューから選択できるほか、メニューバーのツール＞オプション＞表示＞の「タグ」内で見られます）

ですので、「重要」「終了」の定義順が重要＞終了であったなら、後から「終了」タグをつけても「重要」の色がそのまま優先されてしまい、仰っているような現象になると思われます。

【解決策】
１）タグの定義を「重要」「終了」ではなく「終了」「重要」にする
機械的には、オプション＞表示＞内の「タグ」一覧にて「終了」を「重要」の上位になるよう直接名前を変更してあげれば、「終了」の色が「重要」よりも優先されると思います。
ただしこれだと、今ある分類済みのメールについたタグも一斉に変わってしまいます。

２）既存のタグを並べ替える
名称変更の他に、今見えているタグの一覧順（上下）を変更して、「終了」が「重要」の上に来るようにすれば、「終了」の色が「重要」よりも優先されるようになります。
ただし、Thunderbirdの基本機能にタグの順番を入れ替える機能はないため、以下のようなアドオンを導入して並び替えを行うことになります(あくまで一例です)。
[url=https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/tag-sequence-arranger/]Tag Sequence Arranger :: Add-ons for Thunderbird[/url]

実際にやってみたところ、[color=#ff0000]重要[/color]＞[color=#ff9900]仕事[/color]の順になっていたタグの順番を[color=#ff9900]仕事[/color]＞[color=#ff0000]重要[/color]にすれば、スレッドペインでもタグの色が変わることを確認しました。[attachment=0]tag2.png[/attachment]

[size=1][color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]はじめまして。[/highlight][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]---- 環境 ----[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]使用しているThunderbird：[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]　　　　Thunderbird 52.3.0[/highlight][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]使用しているOS,環境：[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]　　　　Windows 10 Home 64bit[/highlight][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]使用しているセキュリティツール（ウィルスチェッカ、ファイアウォールなど）：[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]　　　　マカフィーマルチアクセス[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]　　　　Windows Difender[/highlight][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]ネットワーク環境：[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]　　　　CATVネットワーク[/highlight][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]---- 質問内容 ----[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]上記のような環境で使用しています。[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]質問は、受信メールのタグと色分けについてなのですが[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]フィルターで重要なメールにだけ「重要」とタグをつけ赤い色がつくようにしています。[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]そのメールを処理した後に「終了」タグをつけるのですが、色がそのまま赤のままなので[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]未処理メールと混同してしまうのです。[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]先頭についてるタグの色が反映されているようなのですが、後からつけたタグの色に変更する方法はありますでしょうか？[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]
[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]現在は「終了」タグをつける際に「重要」タグを削除して対処していますがそれしかないでしょうか？[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]
[/highlight][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][highlight=#efefef]よろしくお願いいたします。[/highlight][/font][/color]
[/size][color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]
[/highlight][/size][/font][/color]