解決いたしました。ありがとうございました。

epro さん、maji と言います。

[quote="epro"]複数台のPCでサーバー内の同じメールを共有（imap）していますが、[/quote][quote="epro"]imapでサーバーを複数台PC(Windows7〜で運用しています。[/quote]との事ですが
[quote="epro"]・新着メッセージを自動的にダウンロードする（チェック有）
・ヘッダのみ削除する（チェック無）
・ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す（チェック有）
・ダウンロードしてから◯日以上経過したメッセージを削除する（チェック無）
・ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する（チェック無）[/quote]の設定は
imap ではなく pop のものですね。
epro さんお手元の Thunderbirdの設定が imap か pop か、念の為に確認ください。


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もし pop だとしても[quote="epro"]Thunderbirdを起動する度に、
サーバーのメールを１から受信してしまう。
（数千件メールがあるため、途中でソフトが固まってしまいます）[/quote]との動作は異常ですね。

このあたりは

[解決済み] 同じメールを何度も受信します
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=13080

あたりを参照してご自身の Thunderbird環境を点検ください。


ちなみに私の個人メールもサーバ上に 4～5千件ほど溜めてますが
Thunderbird で意識的に最初から全て pop受信させても[quote="epro"]（数千件メールがあるため、途中でソフトが固まってしまいます）[/quote]事はありません。
時間が掛かっても全て最後まで受信してくれます。
それが途中で固まるとゆ事は Thunderbird以外の問題があるのかもしれません。


では。


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複数台のPCでサーバー内の同じメールを共有（imap）していますが、
１台のPCだけThunderbirdを起動する度に、
サーバーのメールを１から受信してしまう。
（数千件メールがあるため、途中でソフトが固まってしまいます）

imapでサーバーを複数台PC(Windows7〜8)で運用しています。

問題が起きているPCのスペックは
windows8.1
Thuderbird 45

thunderbird設定（サーバー設定）
・新着メッセージがないか起動時に確認する（チェック有）
・新着メッセージがないか１０分ごとに確認する（チェック有）
・新着メッセージを自動的にダウンロードする（チェック有）
・ヘッダのみ削除する（チェック無）
・ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す（チェック有）
・ダウンロードしてから◯日以上経過したメッセージを削除する（チェック無）
・ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する（チェック無）

※受信トレイのプロパティから「フォルダの修復」を試すも改善はありませんでした。

改善する方法はありますでしょうか？