[quote="偶然的通行人"]mailnews.emptyTrash.dontAskAgain

初期値は false です。
["ごみ箱" を空にする] の確認ダイアログで、[次回からは確認しない] にチェックを付けて [OK] を実行すると、この値が true になり、次回以降は確認ダイアログを開かないで "ごみ箱" を空にする動作が実行されます。（don't Ask Again な動作になった、ということですね。）[/quote]
これです。解決しました。他にも、似たのが「迷惑メール」フォルダについての
mailnews.emptyJunk.dontAskAgain

ですね。

[quote="偶然的通行人"]（補足）
[受信トレイ] に対して [最適化] が実行される前なら、復元できる可能性は残っています。（[受信トレイ] に限らず、削除したメッセージが入っていた元のフォルダに対しても同様です。）[/quote]
早速、やってみます。ありがとうございました。
質問を終了させてもらいます。

[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

[quote="tokushima"]「ごみ箱」を右クリックして「ごみ箱を空にする」を選択した時に「空にしますか？」警告を表示する「標準設定」に戻す
about:config 設定エディタ の設定を教えてください。[/quote]
mailnews.emptyTrash.dontAskAgain

初期値は false です。
["ごみ箱" を空にする] の確認ダイアログで、[次回からは確認しない] にチェックを付けて [OK] を実行すると、この値が true になり、次回以降は確認ダイアログを開かないで "ごみ箱" を空にする動作が実行されます。（don't Ask Again な動作になった、ということですね。）

以上です。

（補足）[quote="tokushima"]しかし最近、ゴミ箱に誤って大切なメールが入った後、空にしてしまう失敗をしました。
そこで、「ごみ箱を空にしますか？」警告を「有効」に戻したい、と考えました。[/quote]
あるメッセージを [受信トレイ] から削除すると "ごみ箱" に入ります。"ごみ箱" を空にすると、そのメッセージはどこにも見えなくなります。
しかし、[受信トレイ] に対して [最適化] が実行される前なら、復元できる可能性は残っています。（[受信トレイ] に限らず、削除したメッセージが入っていた元のフォルダに対しても同様です。）
一方、[最適化] が実行されてしまうと、削除フラグ付きのデータが完全に抹消されますので、復元は困難になります。

このフォーラムにも類似の過去トピックがあります。
例えば、次のトピックを参考にしてみてください。探せば他にもあると思います。
（一例）
・ローカルフォルダで「古いメッセージを完全に削除」した場合の復活方法について
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=15100
（[ローカルフォルダ] 以外のアカウント配下のフォルダでも、考え方は同じです。）

「ごみ箱」を右クリックして「ごみ箱を空にする」を選択した時に「空にしますか？」警告を表示する「標準設定」に戻す
about:config 設定エディタ の設定を教えてください。

Thunderbird 導入時には「空にしますか？」とポップアップ表示されたと思います。
それが煩わしくて、しばらくしてポップアップ表示を出なくしました。
しかし最近、ゴミ箱に誤って大切なメールが入った後、空にしてしまう失敗をしました。
そこで、「ごみ箱を空にしますか？」警告を「有効」に戻したい、と考えました。

Firefox で about:config 編集は慣れています。Thunderbird も「設定エディタ」を数回いじった経験が有ります。
ここに相談する前、ウェブ上と、このフォ＾ラムで、検索しましたが、適当な回答を見つけられませんでした。

急ぎませんので、よろしくお願いします。