[quote="ヘルプデス区"][highlight=#99ccff]当方のメール環境に「X-NAIMIME-Modified」はないので、X-から始まる他のヘッダ項目で試してみました。[/highlight]
はい、こちらでも「X-から始まるヘッダ項目のフィルタ」に関しては試しておりまして、以下の事が分かっております。

[b]・前半部分のヘッダに対して設定したフィルタは正しく処理される[/b]
[b]・本文以降のヘッダに対して設定したフィルタは正しく処理されない[/b]

[color=#ff0000]※[/color]サンプル：添付写真について　という表題の迷惑メール[/quote]
画像を拝見しました。
前半のヘッダというか、本来のヘッダフィールドに書かれている要素はフィルタが効いている一方で、X-NAIMIME-Modifiedの項目は添付ファイルのMIME相当の部分に書かれているのですね。
※MIME=画像などのデータをメールで扱えるようにするための規格
https://ja.wikipedia.org/wiki/Multipurpose_Internet_Mail_Extensions
ヘッダとボディの関係についてはatmarkitの記事を参考にしてください。
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0104/10/news002.html
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0104/18/news002.html

画像で示されたメールは「Content-type:multipart/mixed」になっていて、ヘッダ以下はメール本文(文字部分)と添付ファイルとで構成されたメールです。
ひとつめの
------------1C-BYF2oqJU7iVbTioFj5FUIT
よりも上がヘッダフィールド(Bodyパートの前)であり、
ふたつめの
------------1C-BYF2oqJU7iVbTioFj5FUIT
と
------------1C-BYF2oqJU7iVbTioFj5FUIT--
とで挟まれた内容のうち、空白行の前までが「添付ファイルはこれこれです」の情報を知らせるパートヘッダの部分ですが、多分これは本来の(Bodyパートの前にある)ヘッダとは判断されず、MIMEの一部=「Bodyパート」の一部とみなされているのだと思います。
※メール本文＋添付ファイルひっくるめて「Bodyパート」ということ

実際に、既存のメールに追加する形でX-NAIMIME-Modified: 1の記述をBodyの前、先頭のヘッダフィールドの位置(X-NAI-Spamの前後に相当する場所)に置くと正しくフィルタが効きました。

MIMEのパートヘッダを条件としてフィルタを適用≒添付ファイルの内容(条件)でフィルタをかけるになると思いますが、知る限り添付ファイルをTargetとしてフィルタをかける方法は見つかりません。拡張子やMIMEの内容でのフィルタリングの要望はでていますが、実現には至っていない状況です。
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=224392

meeyarさま、早速のご返信を有難うございます。
また、こちらの記述に足りない部分もあり、申し訳ございませんでした。


[highlight=#99ccff]メール本文はヘッダとは別物なので、メール本文の内容で条件を設定しても反映されません。
カスタムヘッダでやるのが本筋のように思いますが…[/highlight]
はい、仰る通りなのですが、カスタムヘッダを試すもフィルタされなかったので、
メール本文でも試してみた次第なのです。（結果、いずれもＮＧ）

[highlight=#99ccff]当方のメール環境に「X-NAIMIME-Modified」はないので、X-から始まる他のヘッダ項目で試してみました。[/highlight]
はい、こちらでも「X-から始まるヘッダ項目のフィルタ」に関しては試しておりまして、以下の事が分かっております。

[b]・前半部分のヘッダに対して設定したフィルタは正しく処理される[/b]
[b]・本文以降のヘッダに対して設定したフィルタは正しく処理されない[/b]

[color=#ff0000]※[/color]サンプル：添付写真について　という表題の迷惑メール
[img]http://blog-imgs-91.fc2.com/a/t/a/ataminavi/header.png[/img]
また、同ＯＳの別ＰＣやThunderbirdの旧バージョンを試しましたが同様の結果となりました。

行いたい事は掲題の通りなのですが、代替案もあれば是非参考にさせて頂きたく、
他の皆様からもご意見を頂戴できれば幸いです。
例：添付ファイル名でフィルタする方法…等 ← できますかね。。。

メールヘッダでフィルタかけるのですよね？
であれば、
[quote="ヘルプデス区"]以下のフィルタを設定
　・カスタムヘッダを追加し「X-NAIMIME-Modified」に「1」を含むメールを移動
　・メール本文に「X-NAIMIME-Modified」を含むメールを移動
結果、いずれもＮＧでした。
[/quote]
メール本文はヘッダとは別物なので、メール本文の内容で条件を設定しても反映されません。
カスタムヘッダでやるのが本筋のように思いますが…

当方のメール環境に「X-NAIMIME-Modified」はないので、X-から始まる他のヘッダ項目で試してみました。
POPで受信した時に追加される「X-Mozilla-Status」で試しています。
以下の画像はX-Mozilla-Status: 0401に相当するメールをローカルフォルダへコピーする条件として設定しています。
[attachment=0]mailfilter.png[/attachment]
この時、条件に追加するヘッダは「X-Mozilla-Status: 0401」ではなく「X-Mozilla-Status:」です。
条件の値として「0401」を入れています。
また、値の部分（数値の前後など）にスペース等が入ると動作しないので、厳密にフィルタしたい値を入れます（コピペだとスペース入りやすい）。

まずはこれらの確認から見てみると如何でしょうか。
これらに特に問題がないのであれば、定石的なトラブルシューティング対策としてセーフモードや新規プロファイル作成による確認をお勧めします。
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode]Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]

【補足】業務関連の使用であれば法人サポートも検討してください。
https://www.mozilla.jp/business/support/

【追記】メッセージをコピーじゃなくて「移動」でも行ってみましたが出来ていました。

いつもお世話になっております。

[b]■環境[/b]
Windows7 32bit
Thunderbird 45.3


[b]■行いたい事[/b]
ヘッダ
X-NAIMIME-Modified: が 1 のメールをフィルタしたい

[b]■質問の背景[/b]
当方で利用しているメールサーバでは、
「ウィルス感染の疑いがあるファイル」をそのままクライアントに配信せず、
テキストファイルに置き換えて配信するよう運用しております。
添付ファイルを置き換えたメールのヘッダには
「X-NAIMIME-Modified: 1 」

といった情報が付記されるので、この情報を元にメールをフィルタしたいと考えています…が、フィルタされません。



[b]■これまでに行った事[/b]
以下のフィルタを設定
　・カスタムヘッダを追加し「X-NAIMIME-Modified」に「1」を含むメールを移動
　・メール本文に「X-NAIMIME-Modified」を含むメールを移動
結果、いずれもＮＧでした。
----------------------------------
以上、行いたい事は前述の通り、メールサーバによって添付ファイルが編集されたメール、即ちX-NAIMIME-Modified: 1 のメールをフィルタしたいのですが、何か良い方法はありますでしょうか？
※参考；添付ファイル名は同一のファイル名となります。
フィルタ設定、アドオン追加等、ご教示頂ければ幸いです。
宜しくお願い申し上げます。