〔A〕全部チェックしてある場合の、prefs.jsの設定。
設定エディターでは、「user set」になっている。
【チェックあり】　ダウンロード後もサーバにメッセージを残す
　　　　　　　　　mail.server.server#.leave_on_server = true
【チェックあり】　ダウンロードしてから１４日以上経過したメッセージは削除する
　　　　　　　　　mail.server.server#.delete_by_age_from_server = true
　　　　　　　　　mail.server.server#.num_days_to_leave_on_server = 14
【チェックあり】　ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する
　　　　　　　　　mail.server.server#.delete_mail_left_on_server = true

〔B〕おっしゃっている設定の場合の、prefs.jsの設定。
【チェックあり】　ダウンロード後もサーバにメッセージを残す
　　　　　　　　　mail.server.server#.leave_on_server = true
【チェックなし】　ダウンロードしてから１４日以上経過したメッセージは削除する
　　　　　　　　　mail.server.server#.delete_by_age_from_server = false
　　　　　　　　　=> 内部的なデフォールトはfalseなので、このエントリーはなくなる
　　　　　　　　　　Thunderbirdだと、設定エディターで、エントリーが表示されない
　　　　　　　　　　SeaMonkeyだと、about:configで「default false」
　　　　　　　　　mail.server.server#.num_days_to_leave_on_server = 14
【チェックなし】　ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する
　　　　　　　　　mail.server.server#.delete_mail_left_on_server = false
　　　　　　　　　=> 内部的なデフォールトはfalseなので、このエントリーはなくなる
　　　　　　　　　　Thunderbirdだと、設定エディターで、エントリーが表示されない
　　　　　　　　　　SeaMonkeyだと、about:configで「default false」

で、おっしゃっている現象は、
(1) 〔B〕 に設定直後は、問題なく動作していたのだが、
(2) しかし、ふと気が付くと上記３項目がすべて【チェックあり】の、〔A〕になっていた。

この「〔B〕に設定直後」と「ふと気が付くと」の間に、何をなさいましたか？


上記の設定は、設定変更を行った時点でprefs.jsに書かれ、
Thunderbirdの起動中は、メモリー上に保存されている設定により動き、
Thunderbirdの終了時に最終的にprefs.jsに書かれ、
Thunderbirdの再起動時に、prefs.jsから読み込まれます。
従って、以下のような場合には、Thunderbirdの再起動後に〔A〕に戻っても当然になります。
- user.jsに〔A〕の設定が書いてある
- 〔A〕の設定が書いてあるprefs.jsのバックアップで、prefs.jsを上書き
- Thunderbirdのprefs.jsへの書き込みを阻害しているので、〔B〕の設定をprefs.jsに書けない

〔B〕に設定した後、〔B〕の設定がprefs.jsにきちんと書き込まれていましたか？


ちょっと気になるのは、デフォールトの変更の影響。
prefs.jsに設定が書かれていない時に、デフォールト=trueだったバージョンのThunderbirdと、デフォールト=falseに変わったバージョンのThunderbirdとで、同じprefs.jsを使いまわせば、〔A〕になったり〔B〕になったりします。
こういったことはしていないですか？

たとえ、Thunderbirdの問題で設定がリセットされてしまった、という可能性が十分にあっても、
上記のような、設定が意図通りにきちんと反映されていなかった、というようなことを、きっちりと除外しておかないと、
あれこれ調べてみても、無駄足を踏むだけです。

受信後、サーバ側にメールをずーっと残しておきたいため、以下の設定をしています。


　【チェックあり】　ダウンロード後もサーバにメッセージを残す
　【チェックなし】　ダウンロードしてから１４日以上経過したメッセージは削除する

　【チェックなし】　ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバからも削除する

設定直後は、問題なく動作しているのです。

しかし、ふと気が付くと上記３項目がすべて【チェックあり】になっていて
１４日以前のメールが全消去されてしまい、甚大な損害を被りました。
どういうタイミングで発生するのかわかりませんが、まともなメールソフトではない。