追記。
実際にやってみて気付いたこと。

前記事で書いた
[quote]例えば、アカウント設定>サーバ設定>メッセージの保存で「詳細」を開き、「別のアカウントの受信トレイ」を指定した場合、[/quote]
この方法で「共通受信トレイ(ローカルフォルダ)」や他のPOPアカウントなどに保存先の変更を行った場合、今までのメールアカウントの表示(添付画像の赤枠内)が丸々スレッドペインから非表示になります。
(7/5 22:10追記　Thunderbirdの再起動後に再現)[attachment=0]message3.png[/attachment]
今までメッセージ保存先の変更を試みたことがなかったので、これが元々の仕様なのかThunderbirdのバグなのかは存じません。

もしこの方法で変更されてて、「フォルダ消えた」となったのでしたら、再度保存先を「このアカウントの受信トレイ」に戻し、その後Thunderbirdを再起動すればまた表示されますので、必要なメールを他のフォルダやアカウントへ移しておくことが可能になります。

外していたらすみません。

[余談]
最初の返信でIMAPについて
[quote]IMAPの場合はサーバとの同期を行いながらメール管理をするため、保存先の変更を行うことでサーバとの同期トラブルが起こるリスクはPOPよりも高いと思います。[/quote]
と触れたのは、メッセージの保存先のpathを強引に書き換える(POPアカウントのフォルダを指定する)等の可能性を考えたためです。
言葉足らずになってしまい申し訳ありません。

補足説明ありがとうございます。
[quote="kiki"]【余談と補足】
meeyar さんへ
アカウント設定 > サーバ設定 > メッセージの保存 > 詳細 は、受信トレイの統合先を変更するも
ので、共通受信トレイの有無の設定（POP アカウントのみ）になります。[/quote]
ここの設定がPOPのみなのは知っていたのですが、変更先として「共通受信トレイ(ローカルフォルダ)」「変更したいアカウント[b]以外[/b]のPOPアカウント」「Feed」が選択可能です。
(「Feed」はFeedのアカウントが設定してある場合に表示可)

ですから、A・B双方がPOPであること前提として、AのアカウントのメールをBのアカウントのフォルダにて受信、というのも一応可能です。[attachment=0]message2.png[/attachment]

　
[color=#006600]＊質問・投稿する前に、製品のヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して該当項目や
　同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum][b][u][color=#0000FF]フォーラムの利用について[/color][/u][/b][/url] をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の名称・種類と Thunderbird のバージョンぐ
　らいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は放置せずに、結果や経緯を必ず書くようにし
　ましょう。
＊ここは相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例をユーザ同士でシェアする場で
　もあります。[/color]
　
　
[quote="manami0106"]同じThnderbird上で２つのアカウント(ドメインは同じ)を使用していまして、片方のアドレスのアカウント設定から、メッセージの保存先を変更しました。[/quote]
アカウント設定 > サーバ設定 > メッセージの保存 > メッセージの保存先 で変更されたのですね。

[quote="manami0106"]そうすると受信トレイ、送信トレイなど今までため込んでいたものが見られなくなってしまいました。
今までに保存されたメッセージを見たいのですが、どうしたらいいでしょうか。[/quote]
「メッセージの保存先」で変更した場合、残念ながらそれまで送受信したメッセージデータも自動
的に変更先に移動してくれません。

ですので、あらかじめ Thunderbird を終了させた状態でメッセージの保存フォルダを変更先に移
動またはコピーさせておく必要があります。
その上で、Thunderbird 上でメッセージの保存先を変更先に指定し直してください。

メッセージデータの保存場所は、プロファイル内にあります。
POP アカウントならば、 Mail > アカウント名フォルダ
IMAP アカウントならば、ImapMail > アカウント名フォルダ
です。

[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-thunderbird]Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ[/url]


【余談と補足】
meeyar さんへ
アカウント設定 > サーバ設定 > メッセージの保存 > 詳細 は、受信トレイの統合先を変更するも
ので、共通受信トレイの有無の設定（POP アカウントのみ）になります。

使用環境は[color=#0000ff]Windows8.1、Thunderbird45.1.1[/color]でよいですか。(バージョンは正確にお願いします)
[quote="manami0106"]同じThnderbird上で２つのアカウント(ドメインは同じ)を使用していまして、片方のアドレスのアカウント設定から、メッセージの保存先を変更しました。
そうすると受信トレイ、送信トレイなど今までため込んでいたものが見られなくなってしまいました。[/quote]
今まではどのようにメッセージの保管を行っていたのでしょうか？
「メッセージの保存先を変更」というのは、具体的にどのような操作を行ったものでしょうか？

これらが現状わからないので、以下について教えて下さい。
(ユーザ名などプライバシーにかかる部分はマスクしてください)

[list]
[*] メールのプロトコル(POP/IMAP)
メニューのツール>アカウント設定>サーバ設定で見られます。
[*] 今まではメッセージの保存先をどこにしていたのか(下記※詳細参照)
[*] 「メッセージの保存先を変更」とは、具体的にどこの設定画面から、何の項目を変更したものか
[*] 新しい保存先はどこにしたのか[/list]


[※詳細]
manami0106さんが書かれたように、Thunderbirdでは送受信したメッセージをmbox形式という方法で保管しています。
メッセージの保管場所は、Thunderbirdのプロファイルフォルダ内のMailフォルダ(POPの場合)か、ImapMailフォルダ(IMAPの場合)が既定の場所です。
Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
[color=#0000ff]Mailフォルダ/ドメイン名のフォルダ/メッセージデータ[/color]の順で格納されており、拡張子無しがメッセージ本体、.msfファイルはインデックスです。

mbox形式の場合は、原則フォルダ内のメールを全て一つのファイルとして保存します。
POPの場合は、受信したメールをどこに保管するかについて、特に制約はなく、ローカルフォルダや任意のフォルダに変更することも可能ではあります。
ただし、最初にプロファイルフォルダのMail内にメッセージが格納されていたとして、
「今後は別の場所にメッセージを保管する」
といった操作を行った場合、
[list]
[*] 今までのメールは今までの場所のまま
[*] 新しく送受信したメールは新しい場所に保管[/list]という可能性はあり得ます。
例えば、アカウント設定>サーバ設定>メッセージの保存で「詳細」を開き、「別のアカウントの受信トレイ」を指定した場合、
[quote]このアカウントの新着メールを別のアカウントの受信トレイに保存する場合、このアカウントでダウンロード済みのメールにアクセスできなくなります。このアカウントにメールが保存されている場合は、予めメールを別のアカウントにコピーしておく必要があります。

このアカウントのフォルダに保存するように設定しているフィルタは、予め削除するか保存先を変更する必要があります。特別なフォルダ (送信済みトレイ、下書き、テンプレート、アーカイブ、迷惑メール) をこのアカウントのフォルダに設定している別のアカウントがある場合、別のアカウントのフォルダに変更する必要があります。

それでもまだ、このアカウントのメールを別のアカウントに保存するように設定しますか？[/quote]
というメッセージが出ます。[attachment=0]message.png[/attachment]

IMAPの場合はサーバとの同期を行いながらメール管理をするため、保存先の変更を行うことでサーバとの同期トラブルが起こるリスクはPOPよりも高いと思います。

[余談]
先日Thunderbirdの45.2.0が出ましたので、早めのアップデートをお勧めします。
[url=http://mozillazine.jp/?p=5175]MozillaZine.jp » Blog Archive » Thunderbird 45.2.0 がリリースされた[/url]

Windows8.1、Thunderbird45.11を使用しています。
同じThnderbird上で２つのアカウント(ドメインは同じ)を使用していまして、片方のアドレスのアカウント設定から、メッセージの保存先を変更しました。
そうすると受信トレイ、送信トレイなど今までため込んでいたものが見られなくなってしまいました。
今までに保存されたメッセージを見たいのですが、どうしたらいいでしょうか。
(メッセージの格納方式はフォルダ方式mbox)
ご回答よろしくお願いします。