ありがとうございます。
サンダーバードの仕様ではなさそうなのでメールサーバの方に問合せてみようと思います。

[color=blue]※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった、使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。[/color]

[quote="with you"]これはサンダーバードの仕様でしょうか。
それとも他の所に原因があるのでしょうか。[/quote]
Thunderbird 自身が、件名にそのような警告文を挿入することはありません。
with you さんが Thunderbird をお使いの場合も、返信者が Thunderbird を使っている場合も、これは同様です。

一般的には、クライアントレベルまたはサーバーレベルで施されている、メールのセキュリティ対策に関する何らかの機能が、その警告文を挿入している可能性が高いでしょう。

[quote="with you"]返信される件名に【警告：フリーメールからの発信です。】が付きます。

国土交通省のドメイン@mlit.go.jpから返ってくるメールに上記の文字列が挿入されます。[/quote]
これは、「with you さんから送信したメール」に対して、「返信されてきたメール」の件名にその警告文が挿入されている、ということですよね。
で、返信してきた差出人のドメインが @mlit.go.jp である場合の一部でのみ起こっている、と......。

いまある情報から推測できる範囲でのことになりますが、ご質問のようなことが起こる事例としては、次のようなシナリオが考えられます。

[list]
[*]「with you さんから送信したメール」の差出人（From）アドレスに、文字通りフリーメールのアドレスが使われている。
[*]「with you さんから送信したメール」の宛先（To）側で、フリーメールアドレスから送られてくるメールに対して、一定の警戒措置が設けられている。
[*]その結果、宛先側（クライアントレベルかサーバーレベル）で、「with you さんから送信したメール」の件名に【警告：フリーメールからの発信です。】の警告文が挿入される。
[*]この状態のまま、相手側から with you さん宛に返信が実行されれば、件名に【警告：フリーメールからの発信です。】の警告文が挿入された返信メールが with you さんに届く。
[*]「このドメイン全てのメールではなく、一部のメールからのみ挿入されてきます」は、相手側の特定の部署（またはクライアント PC）でのみそのような機能が働いているか、部署によってセキュリティ対策の条件設定に違いがあるか、もしくは何らかの誤動作が起こっている、といった可能性が考えられる。
[*]with you さんが差出人（From）に使っているアドレスが明らかにフリーメールではないのに、そのような警告文が挿入されるのだとしたら、相手側の当該機能に問題が起こっているのかもしれない。[/list]

とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。

（補足）
フリーメールサービスはとても手軽で便利なため利用者は多いのですが、メリットばかりでなくデメリットも存在します。
とくに公的な場面での電子メールの利用においては、フリーメールのアドレスが警戒対象になっていたり、厳しい安全措置を講じているところでは拒絶されるケースがあります。
（参考）
・フリーメールサービス - Wikipedia
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%93%E3%82%B9
・すぐ役立つ！標的型メールのリスクを減らす2つの設定 Part1 | トレンドマイクロ セキュリティブログ
http://blog.trendmicro.co.jp/archives/11693

返信される件名に【警告：フリーメールからの発信です。】が付きます。

国土交通省のドメイン[b]@mlit.go.jp[/b]から返ってくるメールに上記の文字列が挿入されます。
このドメイン全てのメールではなく、一部のメールからのみ挿入されてきます。

これはサンダーバードの仕様でしょうか。
それとも他の所に原因があるのでしょうか。