[color=#006600]＊質問・投稿する前に、製品のヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して該当項目や
　同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は放置せずに、結果や経緯を必ず書くようにし
　ましょう。
＊ここは相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例をユーザ同士でシェアする場で
　もあります。[/color]
　
　
メッセージフィルタの自動・手動とも機能しない問題を抱えているという問題ですね。

何が原因なのか不明ですので、次の情報を追加提示していただけませんか？
追加していただきたい情報には、いくつかのテストの結果も含みます。

これは問題点を切り分けて、原因らしきものを絞り込んでいくための手がかりにするためです。
まずは現状のプロファイルのバックアップを取っておくのをお勧めします。

１．プロファイルは以前のバージョンから同じ物を使用されてきたのですか？
２．問題が起きているアカウント種別は、POP ですか？ IMAP ですか？
　　それともアカウント種別に関係なく、すべてですか？
３．問題のメッセージフィルタのログの内容は、どうなっていますか？
４．メッセージフィルタの適用の順番に矛盾はありませんか？
５．Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイル、再インストールでも再現しますか？
６．できれば問題が再現するサンプルメッセージとメッセージフィルタの条件設定内容を紹介し
　　てください。
　　再現テストをしてみます。

[Mac OSX Ver.10.11.4 Thunderbird Ver.38.7.1 ]メールフィルターが全く作動しません。手動でも移動出来ません。


[Mac OSX Ver.10.8.5 Thunderbird Ver.38.6.0]では、フィルターが作動しています。但し時々作動しないときもあります。手動では必ず移動出来ます。
Windows10 でも正常に動作しています。