[color=#006600]＊質問・投稿する前に、製品のヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して該当項目や
　同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は放置せずに、結果や経緯を必ず書くようにし
　ましょう。
＊ここは相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例をユーザ同士でシェアする場で
　もあります。[/color]
　
　
技術的に詳しいわけではありません。

---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
---------------------------------------------
上記で問題ないかと思われます。

但し、Thunderbird のメッセージフィルタは完全完璧なものではなく、一部対応していない
メッセージ形式のケースもあるようです。
もちろんバグもあります。

[参照]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=15393]MozillaZine.jp フォーラム - 「メッセージを検索」で特定フォルダのみ本文検索ができない[/url]

また、古いバージョンに最適化すると最新バージョン（現在は 38.5.1）で問題を起こすこと
も考えられます。（証明書の扱いや標準規格準拠、その他仕様など）


一方で、メールフォーム生成システムの側のお話しとすると、Thunderbird に限った内容で
はなくなります。
メールクライアント側や Web メールシステム側の仕様や扱う言語の範囲なども考慮する必要
が生じます。
スマートフォン、タブレットなどのデバイスも多岐になり、それらの仕様や各種制限もありま
す。
サーバ側の事情も関係してくる場合もあります。
（ネットワーク上の規格・制限、証明書の扱い、標準規格準拠、言語、その他仕様など）

単に「文字化け等を防ぐため」だけならば、その対象をよく検討されるのがよろしいかと感じ
ます。

主に日本語の国内ユーザ向けならば、下記が無難かと思います。
---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=ISO-2022-JP
Content-Transfer-Encoding: 7bit
---------------------------------------------

グローバル（幅広い言語・地域）向けならば、下記が無難かと思います。
---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
---------------------------------------------

[参照]
[url=https://en.wikipedia.org/wiki/MIME]MIME - Wikipedia, the free encyclopedia[/url]
[url=https://ja.wikipedia.org/wiki/Multipurpose_Internet_Mail_Extensions]Multipurpose Internet Mail Extensions - Wikipedia[/url]
[url=http://www.mew.org/~kazu/doc/newsletter/3.html]MIME の基礎[/url]

あまり専門的なことは存じませんが...。

---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
---------------------------------------------
の組み合わせが不正だということはなかったと思います。

一般的な話として、古典的な電子メールシステムの制約から、ネットワークに通せるデータは 7bit と言われてきました。
そのため日本語メールでは、
---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=ISO-2022-JP
Content-Transfer-Encoding: 7bit
---------------------------------------------
の組み合わせが主流で、その傾向は現在も生きています。

一方、国際化や Unicode の普及にともない、ISO-2022-JP にかわって UTF-8 が利用される場面が増えています。
メールサーバーもメールクライアントも、新しいネットワークの規格やそれらの普及に対応してきており、日本語は ISO-2022-JP + 7bit でなければならない、という制約は大幅に緩和されつつあります。実際、絵文字など Unicode で定義された本文を持つメールは UTF-8 が使われているはずです。

なので、サーバー側のメールフォームなどの処理で発生した電子メールを、特定の人が受け取るという条件で、その際のクライアントが Thunderbird であるのなら、
---------------------------------------------
Content-Type: text/plain;charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit
---------------------------------------------
の組み合わせでマズイことはないと思います。
実際、標準状態の Thunderbird から UTF-8 のメールを送信する場合は、この組み合わせが使われます。

しかしながら、こうしたメールを不特定多数の人が受け取る場合、個々のユーザー環境（とくに古めの環境）によっては、その組み合わせでは適正に処理できないケースがあるかもしれません。
現在でも、日本語メールで ISO-2022-JP + 7bit がよく利用されるのは、長年の習慣ということもありますが、受け手側の多様な条件に対して、いまでも不都合が最も発生しにくく、確実性が高い組み合わせだからでしょう。

とりあえず自分が経験的に解釈していることを書かせていただきました。
規格上の典拠を改めて確認しているわけではありませんから、もしも間違ったことを書いていたらすみません。そのときは遠慮なくツッコミを入れてください。

（補足）
[quote="tetsuwata"]Thunderbird Version:24.8.0 及び 31.7[/quote]
承知の上でお使いなら余計なお世話になってしまいますが、ご提示のバージョンはどちらもサポートが終了しています。
現時点での最新バージョンは、Thunderbird 38.5.1 です。

Thunderbird 38.x 系の変更点(*) もありますので、31.x 系から乗り換えていないユーザーがおられるのは承知していますが、当然ながら古いバ―ジョンにはその後のセキュリティ修正や新しい通信規格への対応等は適用されていませんから、この先別種の問題が起こる可能性があることにご留意ください。

[size=12](*) 受信メッセージのメールヘッダ内に存在する件名や差出人名の日本語（非 ASCII）部分は、エンコーディングされていることが前提になっており、生のままの ISO-2022-JP で書かれたものなどは文字化けするようになりました。Thunderbird から送信する場合は、同じくヘッダ内の日本語（非 ASCII）部分などは UTF-8 でのエンコーディングが使われるようになっています。
受信側の Thunderbird のバージョンと、メッセージフィルタの条件設定によっては、受信メッセージのどの部分を対象にするかで若干注意が必要になるかもしれません。[/size]

以上です。的外れな話だったらすみません。

OS:Windows 7 Professional
Thunderbird Version:24.8.0 及び 31.7

メールフォームなどの作成を行っており、
CGI(Perl)からphpへの
新規作成に伴い、文字化け等を防ぐためcharsetやEncodingを

Content-Transfer-Encoding: 7bit
Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP

から

Content-Type: text/plain;charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: base64

に変更したところ、Thunderbirdのメッセージフィルタ機能が効かなくなってしまい、全てのメッセージが受信トレイに入ってしまうようになりました。
Content-Transfer-Encodingを8bitに変えたところ、問題なくメッセージフィルタ機能が効くようになったのですが、charset=UTF-8に対して
Encoding: 8bitは正しいのでしょうか？

解決方法をご存じの方がいらっしゃいましたらお教え下さい。