丁寧なご解説、ありがとうございました。
いろいろと試してみて、解説していただいた通りなのが分かりました。
（先に書いた挙動は、転送メール等が混ざっており複雑な環境になっていたのが原因のようでした）
いただいた解説をヒントに、使いやすい設定にしたいと思います。

「Aのアドレス宛に出されたメールにはAのアカウントで返信、Bのアドレス宛に出されたメールにはBのアカウントで返信」で言う「アカウント」が、Thunderbirdの定義における「アカウント」だとすると、ちょっと解せないので、
プロバイダーとの契約上は別の「アカウント」になる、A@abc.def.ghiとB@jkl.mno.pqrというメールアドレス宛てのメールを、Thunderbird上のaccountNという、Thunderbirdの定義における一つの「アカウント」で受信していて、POP3だと仮定します。
この場合、Thunderbirdは、X-Account-Key:accountN を書いておき、Thunderbird上の定義における一つの「accountN」に対して定義してある差出人情報のうちの最初のもの(デフォールトの差出人情報)を、返信メールのFrom:にセットします。
任意のメールのFrom:は、定義してある差出人情報からいつでも自由に選択できますが、最初にセットされるFrom:をA@abc.def.ghiからB@jkl.mno.pqrに変えたいのならば、B@jkl.mno.pqrをそのaccountNのデフォールトの差出人情報にするだけでできます。
IMAPの場合は、X-Account-Key:accountN は書かず、そのメールフォルダーを所有している、Thunderbirdの定義における一つの「accountN」の、デフォールトの差出人情報を使いに行きますから、こちらもデフォールトの差出人情報を変えるだけ、ということになります。

ただし、これは、他の人から自分宛てあるいは他の人宛てのメール(From:他の人・To:/CC:差出人情報として定義されているアドレスあるいは他の人のアドレス)の時の話で、
他の人に送信したメールに対する返信(From:差出人情報として定義されているアドレス・To:他の人)、
自分から自分宛てのメールへに対する返信(From:差出人情報として定義されているアドレス・To:/CC:に差出人情報として定義されているアドレスが入っている)、というような場合は、
Reply-To-Selfという機能も働いてしまうので、ちょっと変わってきます。
他の人に送信したメールに対する返信の場合は、To:に自分のアドレスをセットするのはちょっと不自然なので、From:には自分のアドレス、To:には他の人のアドレス、ということをします。
自分から自分宛てのメールへに対する返信の場合は、宛先に自分のアドレスも他の人のアドレスもある時にどうなるかはThunderbirdの気分次第としか言えない。
X-Account-Key:から持ってくる機能も、Reply-To-Selfという機能も、殺すことはできないので、
返信なんだから、素直に、単純に、From:のアドレスをTo:にセットしてTo:のアドレスをFrom:にセット、というようなことは、期待できません。

複数のメールアドレス（AとB、とします）のメールを、Thunderbirdで受け取っています。
メールに返信する際、Aのアドレス宛に出されたメールにはAのアカウントで返信、
Bのアドレス宛に出されたメールにはBのアカウントで返信したいと思うのですが、
現状すべてAに設定されてしまう（返信時の「差出人」欄がデフォルトでAのものになる）ので、困っています。
上のように設定するにはどうしたらいいでしょうか？
（別個がだめなら、全てBでも構いません。とにかくデフォルトでAになるのをやめたいです）
知っておられる方、ぜひご教授願います。