コメントありがとうございます。

その「混同」と呼ぶものは、「送信済みトレイ」と「ゴミ箱」においても見られるのですか？

この件に関しては、「送信済みトレイ」にもあり、「受信トレイ」にもあります。但し、全ての「送信済みトレイ」のメールがあるわけではなく、一部の送信済みメールが「受信トレイ」にもあります。
「ゴミ箱」にもあるかどうかは未確認です。

[quote="skaneko"]Inboxファイルだけでも復旧させたかったので、Thunderbirdが正常稼動しているProfilesフォルダー内のローカルフォルダーに「Inbox」と「Inbox.msf」、「Sent」と「Sent.msf」、「Trash」と「Trash.msf」をコピーしました。[/quote]
POP3およびLocal Foldersのメールデータは(IMAPではない、NNTPでもない)、<フォルダー名>(ファイル拡張子無し)に保持されていますから、メールデータの手動でのコピーとしては、完璧です。
<フォルダー名>.msfの中身がバージョンによって異なる場合もあるので、普通は、安全な方をとって、<フォルダー名>.msfはコピーせずに、フォルダーにアクセスするThunderbirdでのフォルダーオープンの時に、実際にアクセスするバージョンのThunderbirdに索引の再作成をさせますけど。

[quote="skaneko"]再度、Thunderbirdを開いたところ、ローカルフォルダに「受信トレイ」「送信済みトレイ」「ゴミ箱」が復元されました。
中身を確認したところ、「受信トレイ」の中が受信メールと送信済みメールが混同されていました。
ためしに「Inbox.msf」を削除して、開きましたが状況は変わりませんでした。
受信トレイの中が受信メールと送信済みメールが混同するのは、復元元の「Inbox」の内容が最初から
混同していたからなのでしょうか？[/quote]
その「混同」と呼ぶものは、「送信済みトレイ」と「ゴミ箱」においても見られるのですか？
「受信トレイ」だけの現象だとすると、おそらく、返信メールは元のメールと同じフォルダーに保存するオプションを使っていたからでしょう。
返信メールが別のフォルダーの「送信済みトレイ」に入ってしまうよりも、同じ「受信トレイ」に入ってくれた方が、余計なことを一切せずに、スレッド表示だけでメールのやり取りが簡単に見られて、便利です。

復元元のInboxファイルを、復元先のローカルフォルダーに復元したところ、受信トレイの中が、受信メールと送信済みメールが混同されており、困っております。

詳細を述べますと、ＰＣの故障により、ハードディスク内のデータを外部の業者を使って、外付けＨＤＤに復元してもらいました。その外付けＨＤＤを復元元としてProfilesフォルダー内の「******.default」フォルダーを復元先の同じProfilesフォルダー内にコピーをしました。その次に、「profiles.ini」ファイルの
「Path=Profiles/******.default」の******を復元元のプロファイルのファイル名に書き換えて
上書き保存をして、閉じました。改めてThunderbirdを開いたところ、左側の部分が空白の初期状態の
ままでした。
Inboxファイルだけでも復旧させたかったので、Thunderbirdが正常稼動しているProfilesフォルダー内のローカルフォルダーに「Inbox」と「Inbox.msf」、「Sent」と「Sent.msf」、「Trash」と「Trash.msf」を
コピーしました。再度、Thunderbirdを開いたところ、ローカルフォルダに「受信トレイ」「送信済みトレイ」
「ゴミ箱」が復元されました。中身を確認したところ、「受信トレイ」の中が受信メールと送信済みメールが
混同されていました。
ためしに「Inbox.msf」を削除して、開きましたが状況は変わりませんでした。
受信トレイの中が受信メールと送信済みメールが混同するのは、復元元の「Inbox」の内容が最初から
混同していたからなのでしょうか？
それとも、私の手順が間違っていて、このような状態になってしまうのでしょうか？
どなたか解決方法をご存知の方がおられましたらご教授頂ければと思います。

ＯＳ：Windows7
Thunderbirdのバージョン：38.2.0