Cai 様、

お教え頂きありがとうございました。
希望通り設定することができました。

mailnews.nav_crosses_foldersです。
デフォルトでは"1"になっていると思いますので、これを"0"にしてください。

フィルタを使って受信メールをいくつかのフォルダに振り分けています。
また、ツールバーに「次へ」ボタンを置いています。

以前はこの「次へ」ボタンを押すと（「N」を押す、あるいは「メッセージ」→「次へ」→「未読メッセージ」とするのと同じです）、

「（振り分け先のフォルダ名）内の次の未読メッセージを開きますか？」
というダイアログが出てＯＫを選べばフォルダに移動していました。これがデフォルトの状態だと思います。

ところが、いつの頃からか、このダイアログが出ず「次へ」ボタンだけでフォルダ移動するようになってしまいました。
これはこれで便利なので、他のマシンでもこのようにしたいと思うのですが、どこで設定すればよいのかわかりません。

Firefoxでいうところの about:config のような、環境設定→詳細→一般→設定エディタでそれらしき物を探しましたが、みつかりません。
mail.forward_message_mode かとも思いましたが、違うようです。

どこで設定できるかご存じの方がいらっしゃればお教え下さい。

MacOS 10.3.9, Thunderbird 1.5.0.5