プラグインの無効化でも改善・変化がなかった点、了解です。

[quote="ume"]メールアカウントはひとつだけの使用なので、アカウント設定画面上で　メールアカウント分とローカルフォルダが作られています
アカウント操作を表示させると、どちらも「既定のアカウントに設定」の文字は薄字になっています←既定ってことでしょうか？[/quote]
「ブログとニュース」アカウントはないのですか？

アカウント設定ウィンドウで、左側にあるアカウントをそれぞれ選択した状態で、最
下段の「アカウント操作」をクリックして、ひとつだけの POP アカウントの「既定
のアカウントに設定」がグレーアウトであれば、それが既定になっています。
　注：ローカルフォルダは特殊なので除きます。

[attachment=0]アカウント操作20150106.png[/attachment]

念のため、設定エディタ（オプション > 詳細 > 一般）で確認しておくといいでしょ
う。
フィルタ欄に、mail.accountmanager.defaultaccount と入力して、値が account1
になっているか、どうかです。（通常、一般的にはこの値かと思われます）
そして、account1 は、トラブルシューティング情報を開けば、どのアカウントなの
かわかります。

もし、account1 が、ひとつだけの POP アカウントに該当しないのならば、改めて
該当するアカウントを既定に設定し直してみてください。

また、同様に、mail.accountmanager.localfoldersserver の値が、server2 になっ
ているかも確かめておくといいでしょう。（通常はこの値かと思われます）



【補足と余談】
[quote="ume"]ちなみにプラグインと拡張機能の違いは何でしょうか？[/quote]
プラグインについては、以下を参照ください。
　注：Firefox のヘルプガイドですが、同様です。
[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/use-plugins-play-audio-video-games]Firefox のプラグインを使用するには | Firefox ヘルプ[/url]

アドオンについては、以下を参照ください。
[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/add-ons-faq]FAQ - アドオンについて | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/find-and-install-add-ons-add-features-to-firefox]アドオンで Firefox を活用する | Firefox ヘルプ[/url]


[quote="ume"]（４）既定のアカウント設定　についてですが
これはローカルフォルダの下に「Ｉｎｂｏｘ（受信トレイ）」がないといけない　ということなのでしょうか？[/quote]
共通受信トレイを利用していない場合は、ローカルフォルダ配下には受信トレイはあ
りません。
これは仕様です。
逆に、共通受信トレイを利用しているのに、受信トレイがなかったら、異常です。


[quote="ume"]これもちなみにですがローカルフォルダが使用されるのはどんな時なんでしょうか？[/quote]
ユーザが使用すれば、使用されます。

ローカルフォルダは、POP でも　IMAP でもなく、特殊なアカウント（削除不可）で
通常のアカウントとは異なる利便性（機能）を持たせたアカウント（フォルダ）です。
特殊なアカウント（フォルダ）であり、差出人（メールアドレス）もなければ、送受
信サーバもありません。

アカウント設定内のローカルフォルダの箇所には、「特殊なアカウント」と書いてあ
ります
設定項目も、通常の POP や IMAP アカウントのそれと見比べたら、まったく異なる
のが、見てとれます。

但し、共通受信トレイを利用する場合は、POP アカウントが統合されますので、あた
かも通常のアカウントのように見えます。（受信トレイが現われます）

通常のアカウントと同様仕様ではないことを理解した上で、利用することです。
仕様上の標準（デフォルト）で存在するものですので、不要だからといって、削除し
ないことです。（通常は、削除できない仕様です）

ご報告　その４

いろいろアドバイス頂きましてありがとうございます
残念ながらまだ解決できておりません

今回は　38.0.1の状態で
（１）plugin.scan.plid.allをfalseに　⇒　変わらず
（２）plugin.disable　をtrueに　⇒　変わらず
（１）でプラグインはすべて消えた状態になります　「この種類のアドオンはインストールされていません」の表示
ちなみにプラグインと拡張機能の違いは何でしょうか？

（３）インストール先をインストーラのデフォルトの状態でインストール　⇒　変わらず
このインストールで（１）、（２）　⇒　変わらず
以上は起動時の自動受信はしませんが受信ボタンでは受信できます

（４）既定のアカウント設定　についてですが
これはローカルフォルダの下に「Ｉｎｂｏｘ（受信トレイ）」がないといけない　ということなのでしょうか？

メールアカウントはひとつだけの使用なので、アカウント設定画面上で　メールアカウント分とローカルフォルダが作られています
アカウント操作を表示させると、どちらも「既定のアカウントに設定」の文字は薄字になっています←既定ってことでしょうか？
ローカルフォルダの下には「ごみ箱」と「送信トレイ」がぶら下がります、「受信トレイ」はありません
メールアカウントの下には「受信トレイ」、「送信済みトレイ」等がぶら下がります
これもちなみにですがローカルフォルダが使用されるのはどんな時なんでしょうか？

（4-1）ローカルフォルダの下に新しいフォルダで「Ｉｎｂｏｘ」を作成しました・・・表示名は「受信トレイ」になります　⇒　変わらず
エクスプローラでLocal FoldersにＩｎｂｏｘとInbox.msfが出来ているのを確認しています

（５）普段のＤドライブ状態に戻して　38.1.0にＵｐｄａｔｅ　⇒　変わらず
さらに（１）、（２）　⇒　変わらず
（4）は試していません

現在は38.1.0、　ローカルフォルダの下に「Ｉｎｂｏｘ（受信トレイ）」がない状態となっています、「既定のアカウントに設定」の文字はどちらも薄字です
以上です

[新着メッセージがないか起動時に確認する] の動作が、マスターパスワードを解除しても、セーフモードで起動しても、新しいプロファイルにしても、正常に動作しないのは、ちょっと厄介ですね。

あと考えられるのは、何かのプラグインが起動時の動作を阻害しているようなケースでしょうか。
プラグインの本体はシステムにインストールされたプログラムであり、これを Thunderbird と連携させるために接続する役割（Plug-in）を果たすのがプラグインです。
システムにインストールされているプラグインは、Thunderbird を再インストールしようが、セーフモードで起動しようが、新しいプロファイルに移行しようが、影響を受けずに付いて回ります。
Thunderbird でプラグインが積極的に利用される場面をあまり知らないので、これが影響を及ぼしている可能性は低いかもしれませんが、確実に否定できない以上、確認してみたほうがいいと思います。

まず、アドオンマネージャのプラグイン・パネルを開き、どんなプラグインが存在し、有効・無効の状態がどうなっているかをしっかり把握してください。

つづいて、プラグインの読み込みを停止する設定をおこないます。
（1）オプション設定の [詳細] -> [一般] -> [高度な設定] -> [設定エディタ] を実行。
（2）警告画面が出るので、内容をよく読んだ上で、[細心の注意を払って使用する] を押す。
（3）about:config ウィンドウが開くので、検索欄に次の文字列を入力。
　plugin.scan.plid.all
（4）plugin.scan.plid.all の項目が下の欄にリストアップされる。初期値は true になっているはずなので、この項目名をダブルクリックするか、右クリックから [切り替え] で値を false に（行全体が太字になる）。
（5）画面を閉じ、Thunderbird を再起動。

一般的には、これで大半のプラグインの読み込みが止まるはずです。
アドオンマネージャのプラグイン・パネルから確認してください。
（補足）
上記でも読み込まれるプラグインが残っていて、これを含めて完全に無効化したいなら、次の手順を踏んでみてください。
上記（3）で、項目が列挙されている下方のペインで右クリックし、[新規作成] -> [真偽値] を実行します。
設定名を問い合わせるダイアログが開くので、plugin.disable と入力して [OK] 、値を true にして [OK] を押します。
画面を閉じ、Thunderbird を再起動します。

アドオンマネージャのプラグイン・パネルで、すべてのプラグインが読み込まれていない状態なのを確認して、懸案の動作がどうなるかをテストしてみてください。

もし、これで [新着メッセージがないか起動時に確認する] の動作が働くようになったのなら、読み込みを停止したプラグインの中のどれかが、Thunderbird の起動時の動作を阻害していたことが推測できます。
具体的にどのプラグインが悪影響を及ぼしていたのかを絞り込むには、いったんプラグインを全部復活させ、アドオンマネージャからひとつずつ有効・無効を切り替えながら Thunderbird の動作を確認することになるでしょう。
ただし、複数のプラグインの競合によって起こっている場合は、ひとつに絞れないかもしれません。

そもそも、Thunderbird では Firefox のようにプラグインを活用する場面は少ないので、これまでにプラグインを利用した前例がないのなら、plugin.disable で全ブロックして、使いもしない機能を読み込まないようにしても、まず不都合は起こらないと思います。

一方、それでも起動時の新着確認が動作しないとしたら、他に原因の見当がつきません。ぼくの力量ではお手上げです。役に立てなくて申し訳ありません。

とりあえず以上です。結果報告をお待ちします。

　
[quote="ume"]現在のプロファイルをあきらめて、再インストールして新規のプロファイルを作成したのですが
こちらも自動受信しませんでした[/quote]
了解です。


[quote="ume"]インストールしてアカウントの設定をした時点で自動受信しませんでした
アカウントのパスワードを保存する前に再起動しての確認です。パスワード要求の画面が出ませんでした[/quote]
起動時以外の受信（手動受信や時間間隔の設定によるもの）は、正常におこなえるのですね。
もしかして、それらでも同様にパスワードを求めてこないのでしょうか？


[quote="ume"]起動時のエラーコンソールこのメッセージが出てまして、これは前でも出ていました。起動時に1回出るだけです
「Could not read chrome manifest 'file:///D:/Mozilla%20Thunderbird/chrome.manifest'.」
「Could not read chrome manifest 'file:///D:/Mozilla%20Thunderbird/extensions/%7B972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd%7D/chrome.manifest'.」
以上です[/quote]
これは当方でも同じメッセージが出ています。
今回の問題とか関係ないでしょう。


先に紹介したバグの事例は、どうでしたか？
確認してみましたか？
もし、既定のアカウントが正常であれば、原因不明です。

ご報告　その３

まったく？？です
現在のプロファイルをあきらめて、再インストールして新規のプロファイルを作成したのですが
こちらも自動受信しませんでした

インストールしてアカウントの設定をした時点で自動受信しませんでした
アカウントのパスワードを保存する前に再起動しての確認です。パスワード要求の画面が出ませんでした

アンインストールではThunderbirdのホルダも削除してますのでなにも継承してないと思うのですが
（あるとすればレジストリ？）
インストール先はDドライブですのでDドライブもCドライブのユーザーホルダの先にあるThunderbirdのホルダも削除してます

起動時のエラーコンソールこのメッセージが出てまして、これは前でも出ていました。起動時に1回出るだけです
「Could not read chrome manifest 'file:///D:/Mozilla%20Thunderbird/chrome.manifest'.」
「Could not read chrome manifest 'file:///D:/Mozilla%20Thunderbird/extensions/%7B972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd%7D/chrome.manifest'.」
以上です

　
[quote="ume"]ご報告　その２

●共通受信トレイの設定はしていません
　なので「新着メールの取得時にこのサーバも同時に受信」にはチェックが入っていません

●現在使用しているプロファイルはアカウントはひとつだけです

●新しいプロファイルを作ってみましたが起動時受信はしませんでした[/quote]
報告ありがとうございました。
そうなると、他の問題のようですね。


過去トピックの事例からです。
既定のアカウント設定がなされていない、設定情報が正常に保管されていない、ローカルフォルダ
が既定のアカウントになっているが受信トレイがない場合に、起動時の受信ができない問題がある
ようです。
以下を参照して、既定のアカウントの設定をおこなってみて、改善されるか確認してみてください。
（ローカルフォルダが既定のアカウントになっていたかどうかも確認してみてください。）

　＃ツール ＞ アカウント設定 ＞ アカウント操作（左下） で「既定のアカウントに設定｣です。

[参照]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=14117]MozillaZine.jp フォーラム - サンダーバード起動と共に受信できません[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=10819]MozillaZine.jp フォーラム - 起動時に自動受信しない[/url]
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=9048]MozillaZine.jp フォーラム - 起動時に、自動的に新着受信しない[/url]


該当のバグは、以下のようです。

[参照]
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=881114]Bug 881114 – When defaultaccount = Local Folders(non POP3/non IMAP account) is set by Tb after default account deletion, if Local Folders(non POP3/non IMAP account) doesn't have Inbox, new mail check by login_at_startup is not invoked[/url]

横から失礼します。

「受信できない」の場合、
1)Thunderbirdは受信操作を試みているが、サーバーとの接続が上手くない
2)Thunderbirdがそもそも受信操作を行っていない
の2つの可能性があります。

これまでの話を見ると、2)の可能性が高そうですが、一応
ツール(T)→イベントログを表示
で起動前後のThunderbirdのログを見てみて下さい。
受信操作が行われていれば、何らかの記録が残っているはずです。

また、ツール(T)→エラーコンソールに何かエラー出てないか見るとよいかもです。
エラーの中身を書いて頂ければ詳しい方から解析してもらえるかもしれません。
(個人を特定可能な情報はマスクして下さい)

ご報告　その２

●共通受信トレイの設定はしていません
　なので「新着メールの取得時にこのサーバも同時に受信」にはチェックが入っていません

●現在使用しているプロファイルはアカウントはひとつだけです

●新しいプロファイルを作ってみましたが起動時受信はしませんでした

以上です
　

　
[quote="ume"]●マスターパスワードの解除
やはり起動時は受信しませんでした。５分後は受信しました[/quote]
了解です。
マスターパスワードの再設定でも同様ならば、マスターパスワードの設定の有無は、ほぼ無関係と
思われます。


[quote="ume"]●再インストール
アンインストール後のインストールを２度行いましたがどちらも起動時の受信はしませんでした
ダウンロードし直してインストールもしましたが同様です
ひとつ前の31.7.0をインストールしてみたところ、こちらは起動時の受信は出来ています[/quote]
これも了解です。

バージョン 31.7.0 と 38.0.1 とでは、多くの変更・修正点があり、仕様もかなり異なりますので
同じプロファイルを使って行き来するのはお勧めしません。
最悪の場合、プロファイルを破壊することになるかも知れません。

セーフモード起動でも問題が再現するとのことですので、先に紹介したすべての切り分けをおこな
っても改善されない場合は、本体仕様によるものか、別問題なのかも知れません。
いずれにせよ、起動時だけ受信アクセスをしないのは不可解な挙動です。

切り分け対処は、可能性の高いと思われるものから順番を付けて紹介しました。
出来る限り、順番に沿って試してみてください。
結果の報告をお待ちしています。


[補足]
更なる情報として、特定のアカウントのみで起きている問題なのかどうかも併せて教えてください。
もしそうならば、その状況の内容もお願いします。

[b]偶然的通行人さん、kikiさん ありがとうございます

まだすべて試せていませんが、とりあえず試した２点についてご報告します

●マスターパスワードの解除
やはり起動時は受信しませんでした。５分後は受信しました

●再インストール
アンインストール後のインストールを２度行いましたがどちらも起動時の受信はしませんでした
ダウンロードし直して[/b][b]インストールもしましたが同様です
ひとつ前の31.7.0をインストールしてみたところ、こちらは起動時の受信は出来ています

以上です
[/b]

　
[color=#006600]＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。
＊ここは、相互ユーザサポートを通じて、各種情報・事例を、ユーザ同士でシェアする
　場でもあります。[/color]　
　
　
マスターパスワードを設定し、受信サーバの設定では、「新着メッセージがないか起動時に確認す
る」にチェックを入れて有効にしているが、起動時の受信サーバへのアクセス（受信）時にマスタ
ーパスワード入力を求めてこない、ということですね。
そして、Tunderbird のセーフモード起動でも確認してみたが、同様だったのですね。

当方では、再現せず、正常に機能しています。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 38.0.1 日本語版]


マスターパスワードを設定しているにもかかわらず、起動時の受信で入力を求めて来ないとなると、
どこかに異常があります。
そのどこかが不明なので、次の対処を順番におこなって、問題を切り分けてみましょう。
そして、その結果を教えてください。

切り分けの理由：
切り分けをおこなうことで、どこに異常があるのか絞り込みがすすみます。
異常な箇所が判明したら、解決対処の方法も見い出しやすくなります。


[対処その１]
マスターパスワードを一旦削除（リセット）して、Thunderbird の再起動後に、通常起動で再現す
るかどうかを確認する。
　＃これでマスターパスワードの有無が原因なのかどうかが判別できるでしょう。


[対処その２]
マスターパスワードを一旦削除（リセット）して、Thunderbird の再起動後に再度設定する。
再度、起動時に問題が再現するかどうかを確認する。
　＃マスターパスワード情報が正常に保管されていない、あるいは破損している可能
　　性も考えられるからです。


[対処その３]
共通受信トレイの設定の有無の確認です。
アカウント設定内のサーバ設定にある「詳細」ボタンのクリックで確認できます。
　＃共通受信トレイを利用している場合、どのように設定しているかで挙動の異なる
　　場合があるからです。
　＃「新着メールの取得時にこのサーバも同時に受信」にチェックが入っていないと
　　再現します。

[attachment=0]共通受信トレイ設定.png[/attachment]
[参照]
[url=http://web.archive.org/web/20130730182746/http://www.mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002651]共通受信トレイ | Thunderbird サポート[/url]


[対処その４]
複数のアカウントがあり、特定のアカウントのみが問題を起こしているのならば、その該当アカウ
ントのみを、一旦削除し、Thunderbird の再起動後に、再度アカウント設定をおこなう。
　＃アカウント情報が正常に保管されていない、あるいは破損している可能性も考え
　　られるからです。


[対処その５]
新規プロファイルを「追加」で作成し、それを適用してテストしてみる。
　＃プロファイルの異常状態や破損の可能性も考えられるからです。

[参照]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]


[対処その６]
Thunderbird の再インストールです。
　＃アップデートが正常におこなわれなかった可能性も考えられるからです。
　＃アンインストールでは、プロファイル（メッセージやアドレス帳などのユーザデ
　　ータ）は失われません。


【補足】
[quote="ume"]ツールバーにはｘｘｘｘに接続しました...　は表示されています[/quote]
それは、ツールバーではなくて、ステータスバーです。

[quote="ume"]トラブルシューティング情報 　それっぽいところで
mail.openMessageBehavior.version・・・1
mail.winsearch.firstRunDone・・・true[/quote]
それらの項目は、関係ありません。
どうせなら、トラブルシューティング情報のすべての内容を提示してください。

手動での受信や N 分ごとの定期受信ではマスターパスワードの機能が正常に働き、開いた入力欄にマスターパスワードを入れると受信が滞りなくできるが、[新着メッセージがないか起動時に確認する] の設定に基づく Thunderbird 起動時の新着確認の自動受信でのみ、その一連の動作が正常に働かない ―― という問題だと解釈してよろしいでしょうか。

その前提で考えると、次の２点を切り分けることから出発してはどうかと思います。
（a）起動時の自動受信がうまく動作していないことが本質なのか
（b）マスターパスワードの機能がうまく動作していないことが本質なのか

ご承知のように、マスターパスワードの基本的な役割は、メールサーバへのログインパスワードが呼び出されるとき、その前にマスターパスワードの入力をすることで（初期値は「初回のみ」）、ログインパスワードの不正利用を抑止することにあります。
受信時には POP サーバへのログインがおこなわれるので、起動時の自動受信を有効にしていると、そのときマスターパスワードの入力画面が開きます。

つまり、Thunderbird の起動時に、（a）自動受信の設定に基づて POP サーバにログインしに行かないからマスターパスワードの入力画面が表示されないのか、（b）POP サーバにログインしに行っているのにマスターパスワードの入力画面が表示されないのか、どちらかを確認することで次のステップに進めるのではないか、ということです。

さしあたって、いったんマスターパスワードを解除し、素の状態で Thunderbird を起動したとき、自動受信がきちんと働いているかどうかを確認してみてはいかがでしょう。
（i）正常に自動受信できたのなら、（b）に問題が起こっている可能性が高くなります。
（ii）やはり起動時の自動受信が働かないのなら、（a）に絞って原因を探ることになるでしょう。

まずはこのあたりを確認してみてはいかがでしょうか。

とりあえず現時点で思い当たることは以上です。的外れな話になっていたらすみません。

38.0.1にupdateしたところ
起動時の自動受信がされなくなりました　POP3メール
受信ボタンを押せば受信できます
５分置きの確認はしているようです
Update前は31.7.0で　これまでのVerでは自動受信出来ていました
セーフモードでも自動受信しません
ツールバーにはｘｘｘｘに接続しました...　は表示されています

正確には
マスタパスワード設定していますので起動時にパスワード要求画面が出て
入力すると受信出来ていましたが
update後はパスワード要求画面が出ません。そのままにしておくと５分後
（５分ごと確認）に要求画面が出てきます　
また受信ボタンを押せば要求画面が出てパスワード入力して受信　という状況です

サーバー設置の
新着メッセージの起動時確認
新着メッセージの自動ダウンロード
にはチェックが入っています
右下の「詳細」の中はチェックは入っていません

トラブルシューティング情報 　それっぽいところで
mail.openMessageBehavior.version・・・1
mail.winsearch.firstRunDone・・・true

Windows7(64Bit)

他に確認するところありますか？
よろしくお願いします